-1表示原子不移动 0表示进行分子动力学计算,即MD,采用Verlet算法来积分原子的牛顿运动方程。通过POTIM来控制时间步长(单位是fs)。SMASS控制系综的 设置 1表示采用准牛顿算法来优化原子的位置 2表示采用共轭梯度算法来优化原子的位置 3表示采用最速下降算法来优化原子的位置 5表示用来计算Hessian矩阵和体系的振动频率 NS...
VASP,F2MD的后续工作 install OMNet++5.6.2 install# 别人的教程 去官网https://omnetpp.org/download/old 下载linux版本的 解压 安装相关库与依赖 sudo apt-get update sudo apt-get install build-essential gcc g++ bison flex perl \ python python3 qt5-default libqt5opengl5-dev tcl-dev tk-dev \ li...
跑VASP MD时,电子步收敛后,遇到以下提示: Information: wavefunction orthogonal band VASP forum回答: The line indicates that a band crossing occured between the old and the new prediceted wavefunction. Please set IWAVPR=11 in INCAR. 可能原因: The message indicates that bands have crossed during the...
各位老师好，最近看到一篇文献中关于vasp的MD轨迹分析，因为是对平衡轨迹（6000帧）的统计分析，不可能...
VASP(Vienna Ab initio Simulation Package)是一种用于计算材料和表面的第一性原理分子动力学(MD)和电子结构计算的软件程序。它是一个功能强大且广泛应用的工具,可用于研究诸如能带结构、电子密度、总能量、力和应力等性质。为了得到准确的计算结果,合适的参数设置非常重要。以下是一些关键的VASP参数,以及它们的详细解释...
VASP软件简介：VASP 是一个复杂的软件包，用于使用赝势或投影缀加波方法和平面波基组进行从头算的量子力学分子动力学(MD)模拟。VASP 所采用的方法基于（有限温度）局域密度近似，以自由能作为变分量，并在每个 MD 时间步精确评估瞬时电子基态。VASP 采用高效的矩阵对角化方法和高效的 Pulay/Broyden 电荷密度混合方法。...
取值:-1~3,5~8(-1-无更新,0-MD,1-RMM-DIIS,2-共轭梯度算法,3-Damped MD,5,6:有限差分,7,8:密度函数扰动理论),缺省值:if NSW=0/1,-1,else 0 这个参数是和ISIF, IALGO/ALGO一起决定怎么算的最重要的参数。 1~3是三种弛豫的方法,根据ISIF决定是否固定离子位置、晶胞大小和形状,在INCAR中必须设置...
刚做分子动力学，想看结构在特定温度下跑一段时间是否稳定。会不会散掉。看过一些MD方法的帖子，最多...
代码前三行是变量,这里需要手动指定第几个原子,比如小编想看第21,31个原子之间的键长变化,则b1=21; b2=31(这里注意选择原子不要在边界,会出去,计算键长会出错)。Mnum是MD的布数,这里小编使用的10000步。 运行程序后,键长的变化数据储存在bond.dat文件中,然后使用bond.py显示键长变化,产生bond.png: ...
而FPsl方法是对氧化态和还原态利用ML电位到FP电位进行热力学积分来校正ML电位预测的误差,这种积分法具有如下优势:考虑了TI中的大部分非线性成分,可以达到极高的统计精度;还为其他计算步骤提供了所需的均衡初始结构;实现只需几十皮秒的分子动力学模拟(MD)就能收敛。此外,对FPnl方法计算出的电位,作者决定应用Δ-ML...