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1. 初末态结构优化 建立两个文件夹ini(初态的意思),fin(末态),每个文件夹放入vasp计算必备的四个文件(INCAR,POSCAR,KPOINTS,POTCAR),其中的两个POSCAR对应未优化的初末态。确保两个文件夹里面除POSCAR外,其他文件完全一样。两个文件夹内分别做结构优化结算。 对于两个POSCAR,注意每一行的原子一一对应。若有固定...
1.首先我们需要对初猜的初态末态结构进行优化，这里建议设置IBRION = 2(建议所在文件夹建议命名为ini和fin)。优化之后一定要确定初态末态结构的原子序号要一一对应，如果序号不对需要手动进行调整。2.优化结束后就需要在初态末态结构间进行线性插点。这里需要用到nebmake.pl脚本，插点命令为：nebmake.pl ini/…...
由于能量最高的点可以自动爬坡,所以有的时候插一个点也可以精确的找到过渡态的位置,大多数时候插3到4个点已经完全能应付正常的过渡态计算需要。(具体插入多少点合适需要用dist.pl脚本判断) CI-NEB过渡态计算步骤,练习一:O在Au(111)上的迁移 我们用VTST中CI-NEB做示范,(首先要确保编译VASP的时候安装了VTST,否则...
运行VASP:注意:要使用的 CPU 数量必须是 IMAGES 的整数倍 如果在NSW步内未达到收敛,则可以通过连续运行继续计算,就像普通离子弛豫一样。 提示:如果IMAGES数量相当少(最多 4 个),通常会实现更好的收敛。如果要细化接近过渡态的区域,可以使用与过渡态相邻的IMAGES的离子配置作为后续运行的新初始和最终状态,进行另一次...
vasp-vtst计算过渡态 1935年,Eyring,Evans和Polanyi在统计热力学和量子力学的基础上提出了过渡态理论,可以通过基本物性(分子震动频率、质量、核间距等)计算反应速率常数,基本过程如图所示。 Eyring equation(势垒与温度决定反应速率) 过渡态计算之NEB方法 过渡态结构指的是势能面上反应路径上的能量最高点,它通过最小能...
@分子动力学模拟I第一性DFT计算I有限元仿真vasp计算过渡态 分子动力学模拟I第一性DFT计算I有限元仿真 我们擅长使用VASP进行过渡态计算。具体来说,您可以采用CI-NEB方法,这是一种在反应物和生成物之间查找鞍点和最小能量路径的有效方式。过程中,您需要优化初态和末态结构,确保原子序号对应。之后,利用nebmake.pl...
[转载]VASP计算过渡态 原⽂地址：VASP计算过渡态作者：凌崇益 SYSTEM = Al2O3 # Startparameter for this Run:# NWRITE = 2 ! how much will be written to the file OUTCAR ('verbosity flag')verbosity write-flag ISTART = 0 ! 0-new 1-cont 2-samecut job,/if WAVECAR exists 1 re...
在化学动力学研究中，NEB方法（或称CI-NEB方法）被广泛用于计算过渡态。此方法基于Eyring方程，利用势垒与温度决定反应速率的原理。NEB方法的核心思想是通过在初始态与最终态之间插入一系列过渡态结构，模拟分子在反应路径上的变化过程，最终找到从初始状态到最终状态的最低能量路径。在VASP-vtst计算平台中，...
vasp算过渡态可用于处理周期性体系，比如：表面催化反应，电极材料中离子迁移。相变是比较复杂的过程单独用...