umi_tools extract --whitelist=/home/lizhixin/softwares/cellranger-7.0.1/lib/python/cellranger/barcodes/3M-february-2018.txt --stdin=HT29_P1_CRISPR_CKDL220019395-1A_H7MJYDSX5_S1_L003_R1_001.fastq.gz --bc-pattern=CCCCCCCCCCCCCCCCNNNNNNNNNN --log=processed.log --stdout processed.R1.fastq....
具体使用步骤: 1、提取cell barcode白名单 whitelist 命令会从原始数据种提取去可能的cell barcode。通常情况下,10X的barcode长度为16nt,umi长度为10nt;Drop-seq的barcode长度为12nt,umi长度为8nt。示例代码如下: umi_tools whitelist--stdinhgmm_100_R1.fastq.gz \--bc-pattern=CCCCCCCCCCCCCCCCNNNNNNNNNN \-...
UMI-tools于17年1月18日发表在(开放获取) 有关完整的文档,请参见 处理唯一分子标识符的工具 该存储库包含用于处理唯一分子标识符(UMI)/随机分子标签(RMT)和单细胞RNA-Seq细胞条形码的工具。 当前有6个命令。 extract和whitelist命令用于准备包含uMI的fastq +/-细胞条形码以进行对齐。
具体使用步骤: 1、提取cell barcode白名单 whitelist 命令会从原始数据种提取去可能的cell barcode。通常情况下,10X的barcode长度为16nt,umi长度为12nt;Drop-seq的barcode长度为12nt,umi长度为8nt。示例代码如下: #10X umi_tools whitelist --stdin hgmm_100_R1.fastq.gz \ --bc-pattern=CCCCCCCCCCCCCCCCNNNN...