RunUMAP参数说明 R语言Seurat包 RunUMAP函数使用说明 功能\作用概述: 运行统一流形近似和投影(UMAP)降维技术。要运行,必须首先安装umap learn pythonpackage(例如,通过pip install umap learn)。 语法\用法: RunUMAP(object, ...) Default S3 method: RunUMAP( object, reduction.key = "UMAP_", assay = NULL,...
umap.method:可以是uwot——通过uwot R包运行umap(一般选择这个参数),uwot-learn——通过uwot R包运行umap,并返回学到的umap模型,umap-learn——运行python umap-learn包的Seurat包装器 n.neighbors:流形结构局部近似中使用的邻近点的数量,数值越大会保留更多的全局结构,而失去详细的局部结构。一般来说,设置在5到50...