% Generated by roxygen2: do not edit by hand % Please edit documentation in R/Plotting.R \name{Plotumap} \alias{Plotumap} \title{Plot the dimensional reduction figure by umap Firstly, we apply PCA for the high-dimensional data, then use Umap to the top 15 PCs.} \usage{ Plotumap(Dat...
使用之前注释过的sce.anno.RData数据 ,后台回复 anno 即可获取 。这里要下载一下plot1cell图,大概率会提示缺少XXX包,这时候只要指定安装即可。 devtools::install_github("TheHumphreysLab/plot1cell")#根据实际缺少包进行安装bioc.packages <- c("biomaRt","GenomeInfoDb","EnsDb.Hsapiens.v86","GEOquery","sim...
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load("sce.anno.RData") head(sce2,2) 已经注释过了,下面可以直接使用 二plot1cell 函数 1,绘制大群umap图 首先使用prepare_circlize_data函数得到绘图信息,然后plot_circlize函数可以直接绘制umap主图 并把单独的celltype圈画起来 。 ###Prepare data for ploting 准备圈图数据 ...
使用之前注释过的sce.anno.RData数据 ,后台回复 anno 即可获取 。这里要下载一下plot1cell图,大概率会提示缺少XXX包,这时候只要指定安装即可。 代码语言:javascript 复制 devtools::install_github("TheHumphreysLab/plot1cell")#根据实际缺少包进行安装
load("sce.anno.RData")head(sce2,2) 已经注释过了,下面可以直接使用。 二plot1cell 函数 1,绘制大群umap图 首先使用prepare_circlize_data函数得到绘图信息,然后plot_circlize函数可以直接绘制umap主图 并把单独的celltype圈画起来 。 ###Prepare data for ploting 准备圈图数据circ_data <- prepare_circlize...
一载入R包,数据 使用之前注释过的sce.anno.RData数据 ,后台回复 anno 即可获取 。这里要下载一下plot1cell图,大概率会提示缺少XXX包,这时候只要指定安装即可。 devtools::install_github("TheHumphreysLab/plot1cell")#根据实际缺少包进行安装bioc.packages <- c("biomaRt","GenomeInfoDb","EnsDb.Hsapiens.v86...
load("sce.anno.RData")head(sce2,2) 已经注释过了,下面可以直接使用。 二plot1cell 函数 1,绘制大群umap图 首先使用prepare_circlize_data函数得到绘图信息,然后plot_circlize函数可以直接绘制umap主图 并把单独的celltype圈画起来 。 ###Prepare data for ploting 准备圈图数据circ_data <- prepare_circlize...
plot1cell——高级单细胞数据可视化包,可以基于Seurat分析结果对象直接进行可视化绘图,主要依赖于Seurat,circlize,ComplexHeatmap等R包 调用的函数分别存放在R文件夹里面 里面是分别是画不同图用到的脚本,可以帮助我们理解绘图用到的函数,也方便有需要是进行一些参数的修改!