DimPlot(pbmc, reduction = "umap", label = TRUE, pt.size = 0.5) + NoLegend() umap图 上图是一个基于官网标准代码绘制的umap图形,可以看到还有很大的美化空间…… 美化方向1-可以将坐标轴进行缩放 ##调用第三方包 library(tidydr) library(ggplot2) ##绘图 DimPlot(pbmc, reduction = "umap", label ...
CellDimPlot(sce.all.int, group.by ="celltype", reduction ="UMAP") 这个配色非常CNS,且图中展示了总细胞数,每个亚群的细胞数这些信息: 2、坐标改成 左下小箭头,也是大家非常常见的需求! # 左下小箭头 CellDimPlot(sce.all.int, group.by ="celltype", reduction ="UMAP", theme_use ="theme_blank"...
单细胞转录组中的umap图作为主要图形，其美化工作至关重要。为了更直观地展示单细胞数据的结构和关系，需要对umap图进行一系列调整。首先，利用satijalab.org/seurat/ar标准程序，我们可以获得用于绘制umap的数据。这一步是基于10xgenomics.com/samp官网提供的数据集进行的。通过上图，我们可以看到在当前状态...
美化方案1: 为每一群细胞添加椭圆边界 在2017年Cell的一篇文章中,画出了包含椭圆置信区间的患者细胞分群t-SNE图,如图2所示。 图2下面我们一起基于图1,一步步美化。绘制UMAP及之前的代码和上期相同。 1)使用ggplot2 R包重新绘制UMAP图并获取每个细胞的坐标 df1=Hu_AO_db_QC2@reductions$umap@cell.embeddings %...
我们生信技能树的单细胞月更群里面经常看到小伙伴提出的图片美化需求,这就来看看单细胞umap美化工具吧! 第一种:SCP 包(这个包非常的出色) 关于SCP,我们前面也有一个专门的专辑对其进行了大篇幅的介绍,不知道大家用起来了没呢? 端到端的单细胞管道SCP-整合流程 ...
1、先看默认主题一键出图: ### umap1 library(SCP) head(sce.all.int@meta.data) CellDimPlot(sce.all.int, group.by ="celltype", reduction ="UMAP") 这个配色非常CNS,且图中展示了总细胞数,每个亚群的细胞数这些信息: 2、坐标改成 左下小箭头...