1、先看默认主题一键出图: 代码语言:javascript 代码运行次数:0 运行 AI代码解释 ### umap1library(SCP)head(sce.all.int@meta.data)CellDimPlot(sce.all.int,group.by="celltype",reduction="UMAP") 这个配色非常CNS,且图中展示了总细胞数,每个亚群的细胞数这些信息: 2、坐标改成 左下小箭头,也是大家非常...
umap图 上图是一个基于官网标准代码绘制的umap图形,可以看到还有很大的美化空间…… 美化方向1-可以将坐标轴进行缩放 ##调用第三方包 library(tidydr) library(ggplot2) ##绘图 DimPlot(pbmc, reduction = "umap", label = TRUE, pt.size = 1.2) + theme_dr(xlength = 0.2, ylength = 0.2, arrow = ...
单细胞转录组中的umap图作为主要图形，其美化工作至关重要。为了更直观地展示单细胞数据的结构和关系，需要对umap图进行一系列调整。首先，利用satijalab.org/seurat/ar标准程序，我们可以获得用于绘制umap的数据。这一步是基于10xgenomics.com/samp官网提供的数据集进行的。通过上图，我们可以看到在当前状态...
美化方案1: 为每一群细胞添加椭圆边界 在2017年Cell的一篇文章中,画出了包含椭圆置信区间的患者细胞分群t-SNE图,如图2所示。 图2下面我们一起基于图1,一步步美化。绘制UMAP及之前的代码和上期相同。 1)使用ggplot2 R包重新绘制UMAP图并获取每个细胞的坐标 df1=Hu_AO_db_QC2@reductions$umap@cell.embeddings %...
1、先看默认主题一键出图: 代码语言:javascript 代码运行次数:0 运行 AI代码解释 ### umap1library(SCP)head(sce.all.int@meta.data)CellDimPlot(sce.all.int,group.by="celltype",reduction="UMAP") 这个配色非常CNS,且图中展示了总细胞数,每个亚群的细胞数这些信息: 2、坐标改成 左下小箭头...
1、先看默认主题一键出图: ### umap1 library(SCP) head(sce.all.int@meta.data) CellDimPlot(sce.all.int, group.by ="celltype", reduction ="UMAP") 这个配色非常CNS,且图中展示了总细胞数,每个亚群的细胞数这些信息: 2、坐标改成 左下小箭头...
1、先看默认主题一键出图: ### umap1 library(SCP) head(sce.all.int@meta.data) CellDimPlot(sce.all.int, group.by ="celltype", reduction ="UMAP") 这个配色非常CNS,且图中展示了总细胞数,每个亚群的细胞数这些信息: 2、坐标改成 左下小箭头...