来自专栏 · UKB-RAP(DNAnexus) 计算多基因风险评分,ukb中也预装了PRSice2软件,启动的时候使用 dx run prsice2 即可召唤软件 接下来根据提示依次输入需要的内容 花费£0.05 具体内容可以去公号查找哦编辑于 2025-01-21 15:15・吉林 UKB数据 多基因风险评分 赞同添加评论
来自专栏 · UKB-RAP(DNAnexus) 2 人赞同了该文章 提取某个SNP在所有个人中的基因型信息,可以用来做基因环境的interaction分析 使用CLI提取的命令如下 微公号“生信博士小喵” 中有具体内容 mp.weixin.qq.com/s? 其中bfile文件为对应染色体的文件或者merge后的bfile snp recode_file 空格分隔,一般recode minor ...
外部播放此歌曲> RapBaby205 - Day School (Explicit) 专辑:New Inventory (Explicit) 歌手:RapBaby205 还没有歌词哦
过去UKB数据可以下载的时候,我们提取表型可以用ff base或者直接从dataframe里提取,现在UKB数据已经全线转到他们的sever上操作了,但是我不喜欢用图形界面,用他们的图形界面还有表型提取的限制,还得一个一个的加进去。因此研究了一下UKB-RAP 的CLI 命令行提取表型的办法。写了一个小脚本 使用方法如下(感谢师妹禾木木的...
ukb平台预装了plink,因此我们只需要借助swiss-army-knife 软件使用即可 基本逻辑是将脚本编辑好,复制给run_merge 然后在swiss-army-knife中使用参数-icmd 将run_merge传参进去即可运行。 我这里做的工作是将22条常染色体的bfile文件合并成一个大的bfile文件,后面去做PRSice方便。 #!/bin/sh run_merge="cp /mnt/...