Research Analysis Platform(简称RAP,地址:http://ukbiobank.dnanexus.com/)是UKB与AMS和DNAnexus合作推出的云计算平台,功能强大,是未来数据分析和计算的趋势(但是需要额外费使用)。 在2024年7月份,UKBiobank数据库宣布后续的所有相关分析只能在RAP平台进行,个体水平数据不让下载,只能使用UKB-RAP平台上的各种工具来分析...
UKB新规!云端RAP独享 近日,UK Biobank 首席研究员兼首席执行官 Rory Collins 发布了一则重要公告,宣布 UKB Basket 数据下载方式正式终结。公告主要涉及三个方面:1️⃣ 数据访问方式变更 📊 从即日起,所有新项目的数据和现有项目的附加数据将仅能通过 UK Biobank 的云端研究分析平台(UKB-RAP)访问,只有极少数例...
过去UKB数据可以下载的时候,我们提取表型可以用ff base或者直接从dataframe里提取,现在UKB数据已经全线转到他们的sever上操作了,但是我不喜欢用图形界面,用他们的图形界面还有表型提取的限制,还得一个一个的加进去。因此研究了一下UKB-RAP 的 CLI 命令行提取表型的办法。写了一个小脚本 使用方法如下(感谢师妹禾木木的...
需要注意的是,UKB-RAP的图形界面有时候会有一些小问题。比如,你需要先在图形界面生成一个小的datasheet,选择participant.eid和任何一个表型(比如p.31)。然后,把这个生成的datasheet下载下来,再运行命令行脚本。否则,可能会出现运行不了的情况。 希望这些信息对大家有帮助!如果有任何问题,欢迎留言讨论哦!😊0 0 ...
速看!UKB-RAP平台的培训流程及参考答案(12月更新版)!上 - 医工科研-孟德尔随机化于20241231发布在抖音,已经收获了1个喜欢,来抖音,记录美好生活!
UKb 数据下载之 RAP 平台的高配版工具! OUKB 数据的官方下载平台 RAP 使用体验?官方的 RAP 为全英文界面,下载数据分析流程较为繁琐,只能一个个数据点击下载,对于普通医学数据,花费不大。 ukb 数据申请成功后,账户内有40欧元可用于下载数据扣费,用完后续交费!2医工科研团队的 RAP 对接工具( UAP )作用?我们的 ...
UK Biobank宣布自2024年6月14日起，其数据只能通过Research Analysis Platform (RAP)云端平台获取。这一变更在UK Biobank的全球研究用户群中引起了震动，与此前预期一致。UKB团队的Huma Baig在官方论坛上对此进行了说明，并关闭了评论功能。研究人员面临两个主要挑战：首先，从本地数据处理和计算方式转向使用...
Helpful links to learn about the UK Biobank dataset & managing data on the UK Biobank Research Analysis Platform.
The A-series (Accessing Data) notebooks found in this repository focus on performing basic operations to access and examine UKB phenotypic data. These give an overview of how to link and manipulate the phenotypic databases on the RAP that are likely to be interfaced with the genomic (or other...
Scripts and workflows for use analyzing UK Biobank data from the DNANexus Research Analysis Platform - pjgreer/ukb-rap-tools