数据来源数据集/队列数据库详细信息UKB数据UK Biobank英国约50万名成年人的健康和遗传信息GTEx数据Genotype-Tissue Expression各种人类组织的基因表达数据 研究思路本研究利用UK Biobank的数据,通过主成分分析(PCA)定义了四种体型,并对这些体型进行了全基因组关联研究(GWAS)以识别相关的遗传变异。进一步通过Genotype-Tissue E...
由于出生时基因变异的随机分配,MR可以推断暴露和结果之间的因果关系,避免反向因果关系和混淆。在本研究中,作者首先对来自GWAS汇总级数据进行处理,采用双样本孟德尔随机化(MR)来分析研究伴侣特征的相似性。通过直接和间接的分析,探讨了跨特质伴侣的相似性是如何出现的。最终结果显示了间接分类增加观察到的伴侣相似性的机制...
UKBB-gwas数据被很多汇总数据库收纳，最出名的当属IEU OPEN GWAS（https://gwas.mrcieu.ac.uk/）。使用IEU调取UKB-gwas比较简单，直接搜索表型，然后UKBB的也会被搜索出来，通过ID直接调取就好了，IEU已经对数据重新进行了质控和检验，所需要的变量都应经存在。GWAS Catalog数据库也纳入了很多UKB数据(https://www...
本研究纳入了自报为白人、基线无CVD或T2D、随访前两年无心血管事件或无缺失协变量信息的参与者。 T2D遗传风险 每个参与者的T2D遗传易感性通过加权多基因风险评分(PRS)估计,这是一种统计方法,通过结合全基因组关联研究(GWAS)识别的多个遗传变异信息来预测...
.英国生物库演示用户指南:入门 1 简介 英国生物库拥有2006年至2010年间在英国招募的50万40-69岁参与者(男女人数大致相等)的前所未有的数据。展示(可在http://www.ukbiobank.ac.uk)旨在以全面简洁的方式提供可用于健康相关研究的数据,并为考虑申请使用该资源的...
把UKB临床数据库分析、药物靶标SMR分析和GWAS遗传易感性分析这3大创新版块联合在一起的发文威力就是强大呀!整体数据量很庞大,但分析方法并不复杂,真的超级适合临床医生了!文章是中南大学湘雅三院的陆瑶团队发表,临床医生都在用这类思路思路发高分了,你还不来尝试一下?
每个参与者的T2D遗传易感性通过加权多基因风险评分(PRS)估计,这是一种统计方法,通过结合全基因组关联研究(GWAS)识别的多个遗传变异信息来预测个体发展特定疾病或状况的风险。 看电视时长 通过电子问卷评估基线时的看电视时长。参与者被问及在一天中花多少小时看电视?要求回答最接近的整数。根据看电视时长,将参与者分...
孟德尔随机实验中UKB和芬兰数据库的数据获取方法如下：UKB数据库的数据获取： 访问IEU OpenGWAS项目：在R语言中，可以通过访问IEU OpenGWAS项目来查找UKB数据库中的所需数据集。 搜索并选择研究项目：在IEU OpenGWAS项目中，搜索感兴趣的研究项目，并选择相应的研究项目。 下载数据：点击“studies accession...
最近在申请和使用UKB数据库时,我花了不少时间在申请流程、查找数据和下载数据上。其实网上关于申请流程的笔记已经很多了,下次我会整理得更详细。这次主要分享一下如何查找数据,特别是做GWAS时需要下载哪些数据。首先,我要提醒大家,下载UKB的基因型数据时一定要小心,不要下载错了!我最近就遇到了一位朋友下载了错误的...
孟德尔随机实验通常使用英国生物库(UKB)数据作为训练集，芬兰数据库作为验证集。若在R语言中直接利用在线数据库，可访问IEU数据库(IEU OpenGWAS项目)查找所需数据集名称。具体下载方法如下：芬兰数据库中，选择数据库网址（如Risteys FinnGen R11 + FinRegistry - O15_PRE_OR_ECLAMPSIA），当前已更新至...