UKBB-gwas数据被很多汇总数据库收纳，最出名的当属IEU OPEN GWAS（https://gwas.mrcieu.ac.uk/）。使用IEU调取UKB-gwas比较简单，直接搜索表型，然后UKBB的也会被搜索出来，通过ID直接调取就好了，IEU已经对数据重新进行了质控和检验，所需要的变量都应经存在。GWAS Catalog数据库也纳入了很多UKB数据(https://www...
.英国生物库演示用户指南:入门 1 简介 英国生物库拥有2006年至2010年间在英国招募的50万40-69岁参与者(男女人数大致相等)的前所未有的数据。展示(可在http://www.ukbiobank.ac.uk)旨在以全面简洁的方式提供可用于健康相关研究的数据,并为考虑申请使用该资源的...
Ukb数据使用需求UKB数据质量高,近期使用UKB个体数据的SCI影响因子大多大于10分(1-2区) 医工科研孟德尔学习 125 0 IEU GWAS数据库使用方法更新!根据IEU GWAS数据库官方通知,该数据库的数据提取分析模式即将在2024年5月1号,调整成Token验证模式 医工科研孟德尔学习 652 0 ...
由于出生时基因变异的随机分配,MR可以推断暴露和结果之间的因果关系,避免反向因果关系和混淆。在本研究中,作者首先对来自GWAS汇总级数据进行处理,采用双样本孟德尔随机化(MR)来分析研究伴侣特征的相似性。通过直接和间接的分析,探讨了跨特质伴侣的相似性是如何出现的。最终结果显示了间接分类增加观察到的伴侣相似性的机制...
一般,孟德尔随机会用UKB的数据作为训练集,用芬兰的数据库作为验证集,如果想直接在R语言里面用在线的数据库的话,可以直接用IEU数据库( IEU OpenGWAS project)找到相应的数据集名称即可。下面讲一下如何下载具…
最近在申请和使用UKB数据库时,我花了不少时间在申请流程、查找数据和下载数据上。其实网上关于申请流程的笔记已经很多了,下次我会整理得更详细。这次主要分享一下如何查找数据,特别是做GWAS时需要下载哪些数据。首先,我要提醒大家,下载UKB的基因型数据时一定要小心,不要下载错了!我最近就遇到了一位朋友下载了错误的...
汇总数据库 UKBB-gwas数据被很多汇总数据库收纳,最出名的当属IEU OPEN GWAS(https://gwas.mrcieu.ac.uk/)。 使用IEU调取UKB-gwas比较简单,直接搜索表型,然后UKBB的也会被搜索出来,通过ID直接调取就好了,IEU已经对数据重新进行了质控和检验,所需要的变量都应经存在。
一般,孟德尔随机会用UKB的数据作为训练集,用芬兰的数据库作为验证集,如果想直接在R语言里面用在线的数据库的话,可以直接用IEU数据库(https://gwas.mrcieu.ac.uk/)找到相应的数据集名称即可。 下面讲一下如何下载具体的数据 首先是在芬兰数据库里面数据库网址( Risteys FinnGen R11 + FinRegistry - O15_PRE_...
UKB-GWAS数据广泛被纳入多个汇总数据库，其中IEU OPEN GWAS最为知名。通过搜索特定表型，即可获取UKB相关数据，无需额外质控与检验，所需变量均在数据库中。若在IEU中未找到所需疾病数据，可继续在其他数据库中寻找，如GWAS Catalog。GWAS Catalog收录了大量UKB数据，下载流程较为复杂，建议参考相关文章获取...
孟德尔随机实验通常使用英国生物库(UKB)数据作为训练集，芬兰数据库作为验证集。若在R语言中直接利用在线数据库，可访问IEU数据库(IEU OpenGWAS项目)查找所需数据集名称。具体下载方法如下：芬兰数据库中，选择数据库网址（如Risteys FinnGen R11 + FinRegistry - O15_PRE_OR_ECLAMPSIA），当前已更新至...