[1] stats graphics grDevices utils datasets methods base ## ## ot 参考资料 生信补给站 《TCGA | 以项目方式管理代码数据 以及 数据读取存储》 王进《TCGA数据下载,提取lncRNA mRNA》 《R数据科学》 典型医学设计实验GEO数据分析 (step-by-step) - Limma差异分析、火山图
首先,从UCSC xena (https://xenabrowser.net/datapages/)下载数据,找到GDCTCGA HNSC: 点击后可以看到,包括表达数据,临床信息和生存信息等数据: 然后运用R语言进行如下处理(为节省工作量,示例文件仅展示了TCGA HNSC中的12个样本的处理过程): ### 载入R包 library(openxlsx) library(tidyverse) library(limma) libr...
if (utils::packageVersion("UCSCXenaTools") < "1.3.2") { stop("You need to update 'UCSCXenaTools' (>=1.3.2).", call. = FALSE) } #host <- "publicHub" host <- "https://ucscpublic.xenahubs.net" dataset <- "ccle/CCLE_DepMap_18Q2_maf_20180502" report_dataset_info(data...
Install stable release from CRAN with: install.packages("UCSCXenaTools") You can also install devel version of UCSCXenaTools from github with: # install.packages("devtools") devtools::install_github("ShixiangWang/UCSCXenaTools", build_vignettes = TRUE) Read this vignettes. browseVignettes("UCSCX...