检索数据 xe2_query = XenaQuery(xe2) head(xe2_query) # hosts datasets # 1 https://gdc.xenahubs.net TCGA-BLCA.htseq_counts.tsv # 2 https://gdc.xenahubs.net TCGA-LUSC.htseq_counts.tsv # 3 https://gdc.xenahubs.net TCGA-ESCA.htseq_counts.tsv # 6 https://gdc.xenahubs.net TCGA-M...
好用的TCGA分析工具:UCSC Xena TCGA应该是肿瘤数据最权威的来源之一,但是利用TCGA项目产生的数据进行分析上手难度是比较高的,但是有很多针对TCGA数据进行二次开发的衍生网站,UCSC Xena就是很直观强大的一个在线网站。虽然相对于大多数TCGA衍生网站,UCSC Xena的学习成本相对较高,但是如果你研究的方向和肿瘤相关,那么对UCS...
总结而言，UCSC Xena作为TCGA数据分析的有力工具，凭借其丰富的数据分类、多样的分析功能以及直观的用户界面，能够有效提升研究效率与成果质量，尤其适用于肿瘤研究领域。通过深入探索和实践，用户可以充分利用UCSC Xena的强大功能，实现数据驱动的深入研究。
TCGA数据分析、下载利器介绍:UCSC Xena UCSC Xena是一个集分析、可视化、数据集下载等功能的在线数据分析和可视化平台。 现有142个队列的1604个公共数据集包括 TCGA, ICGC, TARGET, GTEx, CCLE等,不同的数据集之间精不同的标准化方法可以相互比较。 数据集下载地址:https://xenabrowser.net/datapages/ 下面根据官方...
UCSC Xena是一个癌症基因组学数据分析平台,支持对癌症样本的多种组学数据进行可视化和分析,网址如下 https://xenabrowser.net/ 该平台内置了一些公共数据集,比如来自TCGA, ICGC等大型癌症研究项目的数据,不仅可以对数据进行分析,而且还提供了对应文件的下载功能。同时还支持对自己的数据进行分析,而且保证了数据的安全性...
Xena官方的工具主要功能是查看和下载数据,只有非常简单的分析功能,而第三方工具则侧重于基于TCGA的数据进行分析。目前针对TCGA的数据,常用的分析包括以下几种生存分析肿瘤患者和正常人的差异分析组学数据和临床数据的相关性 基于TCGA等公共数据库的挖掘是目前研究的一个热点,在文章中也经常会使用TCGA的数据来和自己实际的...
登陆到界面时候,我们点击Launch Xena即可登陆到UCSC XENA的分析界面。 2 分析工具基本操作 关于XENA的基本使用,在到了分析界面之后。我们需要做的只有两步:(i)选择想要分析的数据集;(ii)选择想要分析的变量。 2.1 数据集选择 在UCSC XENA里面储存了多个关于大型的公共数据集,包括TCGA、GETx以及target等等……关于具体...
分析工具基本操作 关于XENA的基本使用,在到了分析界面之后。我们需要做的只有两步:(i)选择想要分析的数据集;(ii)选择想要分析的变量。 2.1 数据集选择 在UCSC XENA里面储存了多个关于大型的公共数据集,包括TCGA、GETx以及target等等……关于具体有什么数据集。我们在后面数据下载的时候进行介绍。这里数据集选择的时候...
这是一个在线工具,可以在线分析数据,这里不介绍,只介绍下载数据。在首页左上角选择DATA SETS。我们就会看到该数据库的数据集。也可以直接通过下面链接直达:https://xenabrowser.net/datapages/ 往下拉,就可以看见TCGA的数据集。 我随便选择一个, GDC TCGA Lung Adenocarcinoma (LUAD),我们进去就可以看到各种数据。
UCSC Xena是一个癌症基因组学数据分析平台,支持对癌症样本的多种组学数据进行可视化和分析,网址如下 https://xenabrowser.net/ 该平台内置了一些公共数据集,比如来自TCGA, ICGC等大型癌症研究项目的数据,不仅可以对数据进行分析,而且还提供了对应文件的下载功能。同时还支持对自己的数据进行分析,而且保证了... 查看...