命令行版本LiftOver使用介绍 进入http://hgdownload.soe.ucsc.edu/admin/exe/下载页面,根据自己的系统选择对应版本的工具文件进行下载,这里以linux.x86_64的版本为例。 同时,根据下面的链接,按照不同基因组版本下载转换需要的map.chain注释文件https://hgdownload.soe.ucsc.edu/goldenPath/hg19/liftOver/hg19ToHg38....
点击新建的项目进入可视化的页面,在图片的下方点击add custom tracks就是上传自己的数据了。 也可以设置数据类型的物种,基因组和参考基因组的信息,参考基因组信息如果需要转换,可以通过LiftOver来实现(hg19与hg38的相互转换)。 1数据的上传 浏览器支持bigBed, bigChain, bigGenePred, bigMaf, bigPsl, bigWig, barCha...
每次基因组版本的升级,比如从hg18到hg19,再到hg38,坐标系统已经不一样,所以分析过程中使用了某个基因组,去公共数据库查询频率,位置等信息时,都要对应到使用的参考基因组查询相关信息,才能保持信息的一致性。另外,如果需要,基因组坐标间也能通过LiftOver进行转换。 ---I am a line ! Thanks !---...
点击新建的项目进入可视化的页面,在图片的下方点击add custom tracks就是上传自己的数据了。 也可以设置数据类型的物种,基因组和参考基因组的信息,参考基因组信息如果需要转换,可以通过LiftOver来实现(hg19与hg38的相互转换)。 1数据的上传 浏览器支持bigBed, bigChain, bigGenePred, bigMaf, bigPsl, bigWig, barCha...
UCSC基因组浏览器在大规模高通量数据的可视化和比较分析研究中发挥着重要的作用。拥有了本地浏览器,就可以对自己的测序数据进行更深入的分析和共享使用。本文详细介绍了如何一步步在本地安装、配置、高级使用UCSC浏览器。 安装UCSC浏览器 1. 安装mysql+apache ...
网页版LiftOver使用介绍进入UCSC主页(genome.ucsc.edu/),点击菜单栏上的Tools -> LiftOver进入LiftOver页面其中主要的参数说明如下: Original Genome: 原始的物种基因组,有很多物种(human, mouse, dog等),这里选择Human; Original Assembly: 原始物种的基因组版本,根据需求选择,这里选择CRCh37/hg19; New Genome: 新的...
命令行版本LiftOver使用介绍 进入http://hgdownload.soe.ucsc.edu/admin/exe/下载页面,根据自己的系统选择对应版本的工具文件进行下载,这里以linux.x86_64的版本为例。 同时,根据下面的链接,按照不同基因组版本下载转换需要的map.chain注释文件https://hgdownload.soe.ucsc.edu/goldenPath/hg19/liftOver/hg19ToHg38....