背景:U-box基因家族编码的E3泛素连接酶参与植物激素信号通路和非生物胁迫响应。然而,迄今为止还没有对玉米(Zea mays L.)中的U-box基因家族及其对非生物胁迫的响应进行全面分析。结果:在本研究中,我们在玉米中鉴定了85个U-box家族蛋白,并将它们根据系统发育分析归类为四个亚家族。除了保守的U-box结构域,我们还通...
研究发现,马铃薯中的U-box基因家族共有74个成员,它们在染色体上的分布不均,且具有不同的基因结构和保守基序。通过比较系统发育分析,研究者们将这些基因分为八个亚类,并发现它们与拟南芥、番茄、白菜、水稻和玉米中的同源基因具有对应关系。此外,研究还利用RNA-seq技术揭示了StPUB基因在不同组织中的特异性表达,以及...
该家族蛋白理论等电点分布在5.19—9.14,编码的氨基酸数目介于281—1 441;亚细胞定位预测结果显示该基因家族成员位于细胞不同位置,主要位于细胞核或叶绿体,少数位于质膜;聚类分析发现,柑橘U-box与单子叶植物水稻的亲缘关系较远,柑橘中具有相同结构域的成员和拟南芥具有相同结构域的成员聚在一起,表明柑橘U-box成员具有不...
表2柑橘基因组中的U-box基因 Table 2The U-box genes identified in citrus 基因名称 Gene name基因组登录号 Gene accession No.蛋白质大小 Protein length (aa)分子量 Molecular mass (KD)等电点 Isoelectric point (PI)box位置 U-box domain location细胞定位 ...
本文通过全面的计算分析从水稻中确定了77个U-box基因,并对这类基因家族进行了一个完整的概述,包括基因结构,染色体定位和保守序列.此外,还通过对EST数据库的搜索分析了U-box的转录水平.用计算机软件预测抗原决定簇来设计多肽,通过合成多肽免疫动物制备抗体,检测水稻在不同发育时期的表达谱,对U-box蛋白质的表达水平...
家族基因;采用 MEGA6 软件进行系统进化树分析;通过 GSDS 在线工具和 Mapinspect 软件进行基因结构及染色体定位分析;利用已有的蒺藜苜蓿芯片数据进行组织表达和胁迫响应表达分析。结果表 明,蒺藜苜蓿基因组中含有 41 个 Ubox 基因,不均匀地分布于蒺藜苜蓿的 8 条染色体上。根据结构域组成和系统 进化分析将这些 Ubox 蛋...
雷蒙德氏棉生物信息学分析基因家族摘要:PUBs蛋白调控了作物的生长发育及响应非生物胁迫和生物胁迫的过程。为探讨棉花中U-box类型泛素连接酶家族,本研究利用生物信息学方法分析了二倍体雷蒙德氏棉中PUBs的数目、进化、基因结构、结构域分布及基因表达模式。结果表明,雷蒙德氏棉中有93个Gr PUBs基因家族成员,基因长度为1 ...
目的通过生物信息学分析U-box在柑橘基因组中的分布、结构及进化,研究家族成员在不同组织中的表达特异性以及对非生物胁迫和激素的响应,解析柑橘U-box基因家族的生物学功能。方法根据已经报道的拟南芥U-box基因,利用Phytozome数据库中的BLASTp工具鉴定柑橘基因组中的U-box基因。采用MEGA6.0、Cello、SMART、GSDS2.0、ExPASy...
柑橘U-box 基因家族的鉴定及表达分析 李秋月 1,张亚飞 1,彭洁 1,王旭 1,张志强 1,戴祥生 3,江东 1,2 【摘要】摘要:【目的】通过生物信息学分析 U-box 在柑橘基因组中的分布、 结构及进化,研究家族成员在不同组织中的表达特异性以及对非生物胁迫和激 素的响应,解析柑橘 U-box 基因家族的生物学功能。【...
Cas9载体进行转基因功能验证,主要研究如下:(1)从柑橘克里曼丁(Citrus clementina)全基因组中鉴定出56个CcPUBs基因家族成员,可将其分为7类,即U-box only,U-box+ARM_1,U-box+WD40_1,TPR+U-box,Kinase+U-box,U-box+ARM_2和U-box+WD40_2,并在1-9号Scaffold上分布不均;该家族蛋白理论等电点和分子量...