biocLite("TxDb.Hsapiens.UCSC.hg19.knownGene") 然后查看我们下载的这个包里面所包含的信息 > txdb <- TxDb.Hsapiens.UCSC.hg19.knownGene > txdb TxDb object: | Db type: TxDb | Supporting package: GenomicFeatures | Data source: UCSC | Genome: hg19 | Organism: Homo sapiens | UCSC Table: knownGene ...
TxDb/org.Hs.eg.db 使用方法 "TxDb.Hsapiens.UCSC.hg19.knownGene"library#orgHsegdb数据对象里面包含着各大主流数据库的数据,一般人都比较熟悉的entrezID和ensembl 数据库的ID。library("org.Hs.eg.db")txdb<-TxDb.Hsapiens.UCSC.hg19.knownGene gene=genes(txdb)#提取23056个基因信息,数据以Grangs格式显示。 e...
[Bioc-devel] A bug in TxDb.Hsapiens.UCSC.hg38.knownGene? = 2.14.0), ggplot2, TxDb.Hsapiens.UCSC.hg19.knownGene,FunciSNP.data]]>plyr, org.Hs.eg.db, snpStats, ggplot2 (>= 0.9.0), reshape (> = 0.8.4), scales Enhances parallel Description FunciSNP integrates information from GWAS, 1000...
Installing package(s) ‘TxDb.Hsapiens.UCSC.hg38.knownGene’ installing the source package ‘TxDb.Hsapiens.UCSC.hg38.knownGene’ trying URL 'https://bioconductor.org/packages/3.8/data/annotation/src/contrib/TxDb.Hsapiens.UCSC.hg38.knownGene_3.4.0.tar.gz' Content type 'application/x-gzip' length ...
谈到txdb,我们不得不提两个包,'GenomicFeatures'和“Txdb.Hsapiens.UCSC.hg38.knownGene”,这两个包都是用来创建Txdb对象。当然有的人用的是hg19,我这里采用最新的hg38,操作函数都是一样的,只是所包含的信息更多。 使用R加载两个包 首先,我们先把这两个包安装起来,接下来一步步来看Txdb究竟是什么东西 ...
Hsapiens.UCSC.hg38.knownGene’ 安装TxDb.Hsapiens.UCSC.hg19.knownGene 就不能用 biocLite 了 >BiocManager::install("TxDb.Hsapiens.UCSC.hg19.knownGene") 问题3 #Error in list2(...) : object '%>%' not found Error : unable to load R code in package ‘dbplyr’ 解决办法 #去清华镜像下载源码...