> txdb <- TxDb.Hsapiens.UCSC.hg19.knownGene > txdb TxDb object: | Db type: TxDb | Supporting package: GenomicFeatures | Data source: UCSC | Genome: hg19 | Organism: Homo sapiens | UCSC Table: knownGene | Resourc
library("TxDb.Hsapiens.UCSC.hg19.knownGene") library("GenomicFeatures") #org.Hs.eg.db数据对象里面包含着各大主流数据库的数据,一般人都比较熟悉的entrez ID 和ensembl 数据库的ID。 library("org.Hs.eg...
Hsapiens.UCSC.hg38.knownGene’ installing the source package‘TxDb.Hsapiens.UCSC.hg38.knownGene’ 安装TxDb.Hsapiens.UCSC.hg19.knownGene 就不能用 biocLite 了 >BiocManager::install("TxDb.Hsapiens.UCSC.hg19.knownGene") 问题3 #Error in list2(...) : object '%>%' not found Error : unable to...
谈到txdb,我们不得不提两个包,'GenomicFeatures'和“Txdb.Hsapiens.UCSC.hg38.knownGene”,这两个包都是用来创建Txdb对象。当然有的人用的是hg19,我这里采用最新的hg38,操作函数都是一样的,只是所包含的信息更多。 使用R加载两个包 首先,我们先把这两个包安装起来,接下来一步步来看Txdb究竟是什么东西 source('...