在TwoSampleMR包中,我们去除连锁不平衡主要考虑的也是这两个参数。 举个例子,如果设置r2=0.001和kb=10000,那这就表示去掉在10000kb范围内与最显著SNP的r2大于0.001的SNP;而设置成r2=0.3和kb=1000,那这表示的就是去掉在1000kb范围内与最显著SNP的r2大于0.3的SNP。 从上面的解读中不难看出,随着r2的变小与kb的...
res_single <- mr_singlesnp(dat, single_method ="mr_meta_fixed") 总的效应默认是IVW法和MR-Egger法,也可以更改: res_single <- mr_singlesnp(dat, all_method ="mr_two_sample_ml", single_method ="mr_meta_fixed") 单个SNP分析还可以使用漏斗图进行可视化,主要是为了看看有没有明显的离群点,正...
twosamplemr简书Two-sample MR(两样本MR)是一种设计策略,用于在关联研究人群中建立G—X和G—Y的关联,其中两个独立样本来自相同的人群(例如,GWAS与暴露,GWAS与结局的关联数据)。这种方法要求两样本具有相似的年龄、性别和种族分布特征,因为样本量较大,该方法可以获得更大的把握度。 目前,两样本MR因为全球大量GWAS...
包如其名,TwoSampleMR主要是为两样本孟德尔随机化分析而准备的,在应用这个包以前,我们来看看它的核心函数及其功能:
由于学习孟德尔随机化的人比之前多了n倍，使用TwoSampleMR提取数据、去除连锁不平衡出现502报错、超时的bug越来越频繁了，有时候一个下午、甚至一个晚上都不能正常操作。现在我们来盘点一下什么时间段使用TwoSampleMR包提取数据、去除连锁不平衡比较流畅呢？经过一个星期时间的测试，我们发现最流畅的时间段就是凌晨3点...
1,安装TwoSampleMR包 这个包在github上面,之前流行用devtools包安装github上的R包,但是devtools本身就特别难安装,好在现在有了remotes包,这个包比较好安装,进而github上面的包也比较好安装了。 # install.packages("remotes")library(remotes)install_github("MRCIEU/TwoSampleMR") ...
devtools::install_github("MRCIEU/TwoSampleMR") 1. 2. 第二种: 用remote包进行安装: AI检测代码解析 install.packages("remotes") remotes::install_github("MRCIEU/TwoSampleMR") 1. 2. 第三种: 也可以直接安装: AI检测代码解析 install.packages("TwoSampleMR", repos = c("https://mrcieu.r-unive...
Rstudio从github安装TwoSampleMR失败,如何解决, 视频播放量 7374、弹幕量 0、点赞数 71、投硬币枚数 26、收藏人数 142、转发人数 40, 视频作者 chenlaolala, 作者简介 互相学习写SCI论文,相关视频:watt toolkit网络连通器:解决github打不开,steam打不开商店。,【2025
TwoSampleMR是MR-Base数据库开发团队提供的R包,可以调用MR-Base数据库中已有的gwas结果,来进行2SMR分析,官方文档链接如下 https://mrcieu.github.io/TwoSampleMR/ 2SMR分析需要两个输入文件,第一个文件为遗传变异与暴露因素的gwas结果,第二个文件为遗传变异与结局变量的gwas结果。对于暴露因素相关的gwas结果,TwoSam...
TwoSampleMR:孟德尔分析(二) 又是代码跟练哦~ 示例一:以BMI和冠心病为例 加载包 代码语言:javascript 代码运行次数:0 运行 AI代码解释 library(TwoSampleMR)library(ggplot2) 获取暴露和结局数据 代码语言:javascript 代码运行次数:0 运行 AI代码解释 bmi_exp_dat<-extract_instruments(outcomes='ieu-a-2')chd_...