TWAS(Transcriptome-wide Association Study)是一种用于研究基因表达和疾病之间关系的方法,通过对全基因组的基因表达数据进行统计分析,以识别与特定疾病或性状相关的基因表达变异。TWAS能够很好的解决上述分析方法中存在的“数据集之间存在巨大的样本差异的问题”,这主要是由于其分析方法的不同: TWAS分析的第一步,基于refer...
FUSION是一款进行TWAS分析的软件,对应的文章发表在nature genetic上,链接如下 https://www.nature.com/articles/ng.3506 软件的官网如下 http://gusevlab.org/projects/fusion/ 该软件同时支持对单个样本和多个样本的gwas cohort中的样本进行基因型填充,对应的流程图如下 首先对reference panel中进行建模,对于每个基因,...
TWAS(转录组宽关联研究)分析法是一种用于研究基因表达与复杂性状之间关联的方法。它结合了基因表达谱和疾病特征的大规模关联分析,以识别基因表达与复杂性状(如疾病易感性)之间的关联。这种方法通常基于基因型数据、组织或细胞类型的表达数据,以及复杂性状的表型数据。TWAS分析法可以帮助科学家们理解基因表达如何影响个体的...
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TWAS分析(二) MetaXcan python /data/yxh/software/MetaXcan/software/SPrediXcan.py \ --model_db_path /data/yxh/software/MetaXcan/data/data/DGN-WB_0.5.db \ --covariance /data/yxh/software/MetaXcan/data/data/covariance.DGN-WB_0.5.txt.gz \ --gwas_folder /data/yxh/software/MetaXcan/data/data/...
使用FUSION进行TWAS分析 FUSION是一款进行TWAS分析的软件,对应的文章发表在nature genetic上,链接如下 https://www.nature.com/articles/ng.3506 软件的官网如下 http://gusevlab.org/projects/fusion/ 该软件同时支持对单个样本和多个样本的gwas cohort中的样本进行基因型填充,对应的...
使用FUSION进行TWAS分析首先对referencepanel中进行建模对于每个基因筛选对应的cissnp即在该基因上下游1mb范围内的snp位点通过不同的模型构建cissnps和对应的gene之间的关系接下来对gwascohort中的样本进行填充如上图中a所示对于单个样本根据其cissnps的基因分析结果预测对应基因的表达量然后与表型性状进行关联分析 使用FUSION...
首先来看第一步优化，JTI方法。 之前的TWAS分析方法，在预测表达量模型的训练中，未充分利用GTEx数据组织间广泛存在的生物学相似性。这里，研究者通过整合多个相似的组织 (Joint-tissue imputation, JTI) 来提升模型的预测精度。研究者同样使用弹性神经网络方法进行训练，不同的是在损失函数中引用了相似性...
作者首先是对大量的的数据集进行调查,之后再通过GWAS数据与多效性信息和转录组数据相结合,从局部多性状和TWAS研究中发现了25个新基因。作者利用多性状分析和TWAS,不仅提高了GWAS的效能,还发现了两种转录因子MAFK和SMAD2在肺组织和肺部细胞类型中具有调节功能的证据,一举两得,实在是太厉害了!有想要通过数据库的结合写...
全基因组关联分析（GWAS）是一种在全基因组范围内检测遗传变异与表型变异之间关联的研究方法。通过统计学分析，GWAS能够筛选出最有可能影响特定性状的遗传变异，从而挖掘与性状变异相关的基因。这一方法在数量性状和质量性状的研究中均具有广泛的应用。全转录组关联分析（TWAS）是一种结合了GWAS和表达图谱研究...