t-SNE是一种非线性降维算法，其横纵坐标的计算依赖于高维空间中样本点之间的相似度和低维空间中样本点之间的距离。具体来说，在t-SNE算法中，首先通过高斯核函数计算出每个样本点与其它样本点之间的相似度。然后，通过随机初始化的方法在低维空间中生成初始位置，并计算低维空间中样本点之间的欧式距离。接着，利用相对熵（
左图是一个房间大小和房价的数据图,右图是一个拟合图(图片来自) 之所以叫回归,是因为对于一个好的拟合曲线(如上图中的蓝线),所有的数据点都在想着拟合曲线靠拢的过程,可以想象成这些数据点向拟合曲线回归的过程。 从回归的定义也可以看出,回归倾向于一个X值对于一个Y值,这是和分类不同的地方。 分类 如果能...
一个随机森林中提灯觅食的津门旅客。 随着生物学背景知识的增加,单细胞图谱的可视化直接用10X的Loup或者seurat的Dimplot函数直接绘制的umap/tsne图往往很难达到要求了,这就要求我们提高绘图技能。我们都知道ggplot2是一款很好的绘图R包,甚至可以说在语法上扩展了R语言本身。那么,当我们需要绘图的时候,自然我们会想到它及...
umap +geom_voronoi_tile(aes(fill = RNA_snn_res.2, group = -1L)) + geom_voronoi_segment() Voronoi图背后的想法是将图的区域分割成尽可能多的部分。与网格或热图不同,Voronoi根据与其他点的接近程度为每个点绘制自定义形状。它返回一个看起来像彩色玻璃的图。这可以很好地确定每个区域内的最近点。例如,...
随着生物学背景知识的增加,单细胞图谱的可视化直接用10X的Loup或者seurat的Dimplot函数直接绘制的umap/tsne图往往很难达到要求了,这就要求我们提高绘图技能。我们都知道ggplot2是一款很好的绘图R包,甚至可以说在语法上扩展了R语言本身。那么,当我们需要绘图的时候,自然我们会想到它及其周边。今天我们就主要地看一下ggforce...
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