一、通过conda安装(推荐) 创建新环境:为了避免依赖冲突,建议创建一个新的conda环境来安装Trinity。打开终端,输入以下命令: bash conda create -n trinity trinity 这条命令会创建一个名为“trinity”的新环境,并安装Trinity及其依赖包。 更新Trinity(可选):如果希望安装最新版本的Trinity,可以尝试更新它。但请注意,...
#依赖比较多,不建议手动安装。建议创建单独环境使用conda一键安装trinity,这样所有的依赖包都会自动安装完成。但需要注意conda安装的版本不是最新版本。 conda create -n trinity trinity conda update trinity #下载官网最新的安装包,选择有测试数据的版本 cd~/biosoft wget https://github.com/trinityrnaseq/trinityrna...
$tar zxvf trinityrnaseq-v2.15.1.FULL.tar.gz$cd trinityrnaseq-v2.15.1$make 或者使用conda直接下载安装:$conda install-c bioconda trinity 2、Trinity使用方法 Trinity的主要参数如下所示: # --seqType <string>: fast文件类型(fa或者fq)# --max_memory <string>: 使用Trinity软件时允许的最大内存# 当...
或者使用conda直接下载安装: $ conda install -c bioconda trinity 2.Trinity使用方法 Trinity的主要参数如下所示: # --seqType <string>: fast文件类型(fa或者fq) # --max_memory <string>: 使用Trinity软件时允许的最大内存 # 当数据为paired reads时使用: --left <string>: 左端reads --right <string>:...
conda install -c bioconda trinity # Trinity最新的版本已经更新到v2.12.0 conda install -c bioconda busco 三、组装 1.组装前先使用trimmomatic对原始数据进行质控 trimmomatic PE ../raw_data/hcc1395_normal_rep1_r1.fastq.gz ../raw_data/hcc1395_normal_rep1_r2.fastq.gz ../clean_data/normal_rep1...
conda create -n Trinity trinity -ysourceactivate Trinity 运行流程 当你在命令行敲出Trinity后,他就会输出一大堆信息。那么多信息分成3个部分: 必须参数:包括--seqType表示输入序列类型,--max_memory允许使用最大内存(一般64G),还有输入数据的所在位置 ...
../opt/trinity-2.1.1/util/R 当然,印象中这样的话R是完全不能用的,只能重新安装。 但是,安装似乎很困难,因为卸载不了。 于是准备用conda2安装一次,绕过conda3中的冲突。 这是不可能的。 于是 1. 将被替换的R挪走。 2. 更新R 3. 重新安装Trinity 然后就可以了。
1033 conda install python=3.5 【替换python至低版本】 1034 conda install -c bioconda samtools openssl=1.0 【安装samtools,失败提示conda需升级】 1035 conda update -n base -c defaults conda 【升级conda】 1036 conda install -c bioconda samtools openssl=1.0 【再安装】 1037 conda list 【完事】 版权...
El condado de Trinity es uno de los 254 condados del estado estadounidense de Texas. La sede del condado es Groveton, al igual que su mayor ciudad. El condado tiene un área de 1.849 km² y una población de 13.779 habitantes, para una densidad de pobl
conditionA condA-rep1 conditionA condA-rep2 conditionB condB-rep1 conditionB condB-rep2 conditionC condC-rep1 conditionC condC-rep2 condA-rep1, condA-rep2, condB-rep1… 等对应着counts.matrix文件中的column names。 命令如下: $TRINITY_HOME/Analysis/DifferentialExpression/run_DE_analysis.pl ...