D 模式:是 Trimmomatic 利用 PE 测序进行短接头序列去除的典范,如果文库插入片段比测序读长短,利用正反向测序 reads 中一段碱基可以完全反向互补的特点,将两个接头序列与 reads 进行比对,同时两条 reads 之间也互相比对,可以将 3' 末端哪怕只有 1bp 的接头序列都可以被准确去除,相对 B 模式去除接头污染更彻底。
trimmomatic也会根据文件的后缀名自动压缩为对应的格式 4、详细语法: 4.1 PE: java -jar <path to trimmomatic.jar> PE \[-threads <threads] \[-phred33 | -phred64] \[-trimlog <logFile>] \<paired output 1> <unpaired output 1> <paired output 2> <unpaired output 2> \<step 1> ... 或...
D 模式:是 Trimmomatic 利用 PE 测序进行短接头序列去除的典范,如果文库插入片段比测序读长短,利用正反向测序 reads 中一段碱基可以完全反向互补的特点,将两个接头序列与 reads 进行比对,同时两条 reads 之间也互相比对,可以将 3' 末端哪怕只有 1bp 的接头序列都可以被准确去除,相对 B 模式去除接头污染更彻底。
1、Trimmomatic去接头和碱基质量值参数 Trimmomatic 过滤数据的步骤与命令行中过滤参数的顺序有关,常用的过滤步骤如下: ILLUMINACLIP:<fastaWithAdaptersEtc>:<seed mismatches>:<palindrome clip threshold>:<simple clip threshold>:<minAdapterLength>:<keepBothReads> SLIDINGWINDOW:<windowSize>:<requiredQuality> LEAD...
Trimmomatic 用于去除 Illumina平台的FASTQ序列中的Adapter,根据碱基质量值修整FASTQ序列文件 支持单末端(SE),双末端(PE)测序数据 支持多线程,gzip,bzip2压缩的FASTQ文件 支持phred-33 和phred-64 格式互相转化,目前多数Illumina测序数据为phred-33格式 安装 conda install -c trimmomatic 这里需要安装Conda (一款用于安...
Trimmomatic参数 PE模式下,Trimmomatic运行生成的文件"paired"和"unpaired"的文件,其中paired使我们需要的文件,而unpaired是正向序列和反向序列没有匹配上的序列,即两条序列不互补,应舍去。 Trimmomatic具体的参数如下:\ ILLUMINACLIP:该参数包含多个参数, ILLUMINACLIP:<fastaWithAdaptersEtc>:<seed mismatches>:<palindrome...
Trimmomatic的默认参数包括以下几个方面: 1. 输入文件格式,Trimmomatic默认支持FASTQ格式的输入文件,可以是单端或者双端测序数据。 2. 适配序列,Trimmomatic默认使用内置的适配序列文件进行适配序列的识别和去除。 3. 质量剪切,Trimmomatic默认使用的质量剪切阈值为20,即低于质量值20的碱基将被去除。 4. 最小长度,Trimmoma...
wget https://github.com/usadellab/Trimmomatic/files/5854859/Trimmomatic-0.39.zip 2、解压 unzip Trimmomatic-0.39.zip 配置环境(我配置在了~/.bashrc文件中 ) # trimmomatic echo "export PATH="/home/cyh/biosoft/Trimmomatic-0.39: $PATH" " >> ~/.bashrc ...
Trimmomatic是一个用于处理高通量测序数据的工具,主要用于质量控制、去除接头序列和低质量序列。运行Trimmomatic后,将生成一系列的质控结果,这些结果通常以日志文件的形式保存。以下是Trimmomatic常见的一些质控结果: 输入和输出信息: 输入文件信息,包括原始测序数据的文件路径和文件格式。 输出文件信息,包括经过处理后的序列文...
Trimmomatic 简单用法 由于Trimmomatic 过滤数据的步骤与命令行中过滤参数的顺序有关,因此,如果需要去接头,建议第一步就去接头,否则接头序列被其他的过滤参数剪切掉部分之后就更难匹配更难去除干净了。 单末端测序模式 在SE 模式下,只有一个输入文件和一个过滤之后的输出文件: ...