下面是trim_galore的使用方法: 1.下载trim_galore软件并安装。 2.终端中输入以下命令: trim_galore --paired -q 20 --stringency 5 --length 50 -o output_dir fastq1.gz fastq2.gz 其中,--paired表示输入的是paired-end数据,-q 20表示保留质量大于20的序列,--stringency 5表示去除序列中最后5个碱基的低...
find /usr/local/bin/ -name "trim_galore" -exec ln -s {} /usr/local/bin \; %labels Maintainer m-bull Version trim_galore-0.5.0 2. 使用方法-如何使用这个镜像 注意点目录挂载$PWD:/in中的/in一定要打全,$PWD这个值可换成自己想要放数据的绝对路径。 #用法singularityexec-B$PWD:/in trim-gal...
Trim Galore是一个非常流行的用于「去接头序列」的软件,用于处理高通量测序得到的原始数据。通常我们从测序公司拿到数据后,第一步就是评估数据的质量以及对raw data去接头处理。公司拿来的数据通常附带了clean data以及去接头的说明文件,我自己重新实现了一下trim的过程。参数都是根据公司的说明文件来设定的。 软件说明...
#可以在里面下载,也可以在构建镜像的时候拷贝进去 curl -fsSL "https://github.com/FelixKrueger/TrimGalore/archive/0.5.0.tar.gz" | tar -xz find /usr/local/bin/ -name "trim_galore" -exec ln -s {} /usr/local/bin \; %labels Maintainer m-bull Version trim_galore-0.5.0 2. 使用方法-如何...
Trim Galore直接在官网下载解压后即可使用(perl文件,无需任何安装)。 参数概览 这里只讨论了部分参数(与我的数据相关的部分,数据情况请参照下面)。其余参数的设定可以参考「官方文档」(Trim_Galore_User_Guide)。 -q/–quality :控制的质量分数阈值 –length :丢弃小于此长度的读段 ...
Trim Galore直接在官网下载解压后即可使用(perl文件,无需任何安装)。 参数概览 这里只讨论了部分参数(与我的数据相关的部分,数据情况请参照下面)。其余参数的设定可以参考「官方文档」(Trim_Galore_User_Guide)。 -q/–quality :控制的质量分数阈值 –length :丢弃小于此长度的读段 ...