3.安装Trim Galore TrimGalore: A wrapper around Cutadapt and FastQC to consistently apply adapter and quality trimming to FastQ files, with extra functionality for RRBS data 3.1. 源代码下载:https://github.com/FelixKrueger/TrimGalore 查看安装日志:Installation: Trim Galore!is a a Perl wrapper around...
使用conda安装 代码语言:javascript 复制 conda install trim-galore 二、trim-galore的用法 安装完成以后,可以使用trim_galore -help来查看软件的帮助文档。 1. 软件用法: 2. 常用参数: 代码语言:javascript 复制 --quality:设定Phred quality score阈值,默认为20。分析时可改成25,稍微严格一些。--phred33::选择-...
Trim Galore是自动检测转录组数据adapter的质控软件。cutadapt软件可以对NGS数据进行质量过滤,FastQC软件可以查看NGS数据的质量分布,trim_galore将这两个软件封装到一起,使用起来更加的方便。 安装 conda install trim-galore 使用 trim_galore -q 20 --phred33 --stringency 3 --length 20 -e 0.1 \ --paired $di...
使用conda安装 conda install trim-galore 二、trim-galore的用法 安装完成以后,可以使用trim_galore -help来查看软件的帮助文档。 1. 软件用法: 2. 常用参数: --quality:设定Phred quality score阈值,默认为20。分析时可改成25,稍微严格一些。 --phred33::选择-phred33或者-phred64,表示测序平台使用的Phred qual...
一、软件安装 使用conda安装 conda install trim-galore 二、trim-galore的用法 安装完成以后，可以使用trim_galore -help来查看软件的帮助文档。1. 软件用法：2. 常用参数：--quality：设定Phred quality score阈值，默认为20。分析时可改成25，稍微严格一些。--phred33：：选择-phred33或者-phred64，表示测序平台...
网址:http://www.bioinformatics.babraham.ac.uk/projects/trim_galore/ 需先安装fastqc和cutadapt Trim galore简介 Trim Galore是对FastQC和cutadapt的包装。适用于所有高通量测序,包括RRBS(Reduced Representation Bisulfite-Seq )、 Illumina、Nextera和smallRNA测序平台的双端和单端数据。主要功能包括两步:第一步首先去...
1.下载trim_galore软件并安装。 2.终端中输入以下命令: trim_galore --paired -q 20 --stringency 5 --length 50 -o output_dir fastq1.gz fastq2.gz 其中,--paired表示输入的是paired-end数据,-q 20表示保留质量大于20的序列,--stringency 5表示去除序列中最后5个碱基的低质量序列,--length 50表示去除...
软件的安装也很方便,首先需要确保cutadapt和fastqc这两个软件已经安装,并且可执行文件位于PAH环境变量定义的路径种。然后下载trim_galore的源代码包,解压即可,代码如下 wget https://github.com/FelixKrueger/TrimGalore/archive/0.5.0.tar.gz ...
Trim Galore version: 0.4.1 Cutadapt version: 1.11 FastQC version:0.11.3 依赖环境 FastQC Cutadapt 软件安装 Trim Galore直接在官网下载解压后即可使用(perl文件,无需任何安装)。 参数概览 这里只讨论了部分参数(与我的数据相关的部分,数据情况请参照下面)。其余参数的设定可以参考「官方文档」(Trim_Galore_User_...
https://blog.csdn.net/lixiangyong123/article/details/52062323 1，拿到原始数据后，首先用软件 FastQC 看一下数据质量 得到html文件，打开后如图 我们比较关心的数据信息 使用安装好的trim_galore去除质量的reads。该软件需要调用FastQC和cutadapt ，需要提前装好 2，这两步处理完后可以再次用FastQC看一...