1. 安装命令 mamba install trim-galore 2.报错 image.png 3.既然缺少,那就安装cutadapt, mamba insatall cutadapt 继续报错 image.png 4.查看下现在环境的python版本, mamba list image.png 5.python版本3.9.1,不对,那就安装个对的版本。requires python >3.8,<3.9. 0,指定3.8 mamba insatall python=3.8 ...
Trimming mode:paired-end Trim Galore version:0.6.6Cutadapt version:3.2Numberofcores usedfortrimming:1Quality Phred score cutoff:25Quality encoding type selected:ASCII+33Using Illumina adapterfortrimming(count:11117).Second best hit wassmallRNA(count:13)Adapter sequence:'AGATCGGAAGAGC'(Illumina TruSeq,...
下面是trim_galore的使用方法: 1.下载trim_galore软件并安装。 2.终端中输入以下命令: trim_galore --paired -q 20 --stringency 5 --length 50 -o output_dir fastq1.gz fastq2.gz 其中,--paired表示输入的是paired-end数据,-q 20表示保留质量大于20的序列,--stringency 5表示去除序列中最后5个碱基的低...
经过clock修剪后,生成的文件(.clock_UMI.R1.fq(.gz)和.clock_UMI.R2.fq(.gz))应与Trim Galore一样进行适配器修剪和质量修剪。此外,需要从其3'端剪切read15bp以去除潜在的UMI和固定序列。命令如下: trim_galore --paired --three_prime_clip_R1 15 --three_prime_clip_R2 15 *.clock_UMI.R1.fq.gz ...
安装了半天没安上，用了公司服务器已经安装的trim_galore。命令行也借鉴一下（小小的改动），对很多参数不是很懂。/SSD750/PB1/soft1/trim_galore_v0.4.2/trim_galore -q 30 --phred33 --stringency 3 --path_to_cutadapt /opt/anaconda2/bin/cutadapt --fastqc -e 0.1 --length 35 -...
trim_galore去接头(并行处理) 命令为 代码语言:javascript 复制 dir=/home/kelly/wesproject/4_clean/cat config|whileread iddoarr=${id}fq1=${arr[0]}fq2=${arr[1]}nohup trim_galore-q25--phred33--length36-e0.1--stringency3--paired-o $dir $fq1 $fq2&done ...
一、软件安装 使用conda安装 conda install trim-galore 二、trim-galore的用法 安装完成以后,可以使用trim_galore -help来查看软件的帮助文档。 1. 软件用法: 2. 常用参数: --quality:设定Phred quality score阈值,默认为20。分析时可改成25,稍微严格一些。
一、软件安装 使用conda安装 conda install trim-galore 二、trim-galore的用法 安装完成以后，可以使用trim_galore -help来查看软件的帮助文档。1. 软件用法：2. 常用参数：--quality：设定Phred quality score阈值，默认为20。分析时可改成25，稍微严格一些。--phred33：：选择-phred33或者-phred64，表示测序平台...
安装了半天没安上,用了公司服务器已经安装的trim_galore。 命令行也借鉴一下(小小的改动),对很多参数不是很懂。 /SSD750/PB1/soft1/trim_galore_v0.4.2/trim_galore -q 30 --phred33 --stringency 3 --path_to_cutadapt /opt/anaconda2/bin/cutadapt --fastqc -e 0.1 --length 35 --three_prime_cl...
一、软件安装 使用conda安装 conda install trim-galore 二、trim-galore的用法 安装完成以后,可以使用trim_galore -help来查看软件的帮助文档。 1. 软件用法: 2. 常用参数: --quality:设定Phred quality score阈值,默认为20。分析时可改成25,稍微严格一些。