基因组注释1.重复序列repeatmasker,trf 基因组注释（Genome annotation）是利⽤⽣物信息学⽅法和⼯具，对基因组所有基因和其他结构进⾏⾼通量注释。基因组注释主要包括：基因组组成成分分析（重复序列的识别、⾮编码基因预测、编码基因预测）和基因的功能注释，前者属于结构性注释，尤其是编码基因的预测⼗分...
我这次介绍Trf软件的安装与使用，Trf注释的是串联重复序列（以特定的重复单元首尾相接排列在基因组上，形成重复序列） 官网链接： Tandem Repeats Finder Welcome Page ，我这次安装的是v4.10.0 File : FASTA 格式的DNA 输入序列 Match, Mismatch, and Delta: 匹配上，没匹配...
6.研究显示,Trf1基因缺陷的雄性小鼠不育,睾丸变小且几乎没有成熟精子产生。经进一步实验发现,Trfl基因缺陷小鼠精原细胞分裂大量阻滞在减数分裂I前期,且在细胞中观察到
tRF&tiRNAs的组成和数量高度依赖于具体的细胞类型和病理状况,使得它们成为一类优质的生物标志物[1]。例如,tRFs&tiRN-As之间的比例关系能够作为癌症存活期指标和潜在的诊断标志物[2]。同时,相比其他microRNA,tRNA和tRFs&tiRNAs类群广泛富集于各种生物体液中[3-4]。
TRF网站是基因组注释中常用于检测序列中串联重复序列的软件,无需安装,使用简单方便,同样适用于细胞器基因组的串联重复序列鉴定。 https://tandem.bu.edu/trf/trf.html TRF网站是基因组注释中常用于检测序列中串联重复序列的软件,无需安装,使用简单方便,同样适用于细胞器基因组的串联重复序列鉴定。
家蚕因饲养简单、繁殖快、幼虫活动范围小、易管理等优点在农业生产中具有重要作用,生产上也常用家蚕作为鱼类的饲料。某研究团队将小黄鱼的生长激素(GH)基因和转铁蛋白(Trf)
目的:探讨采用RNA干扰技术沉默端粒重复序列结合因子2(TRF2)基因对喉鳞状细胞癌Hep-2细胞生长增殖的作用情况.方法:构建特异性表达TRF2mRNA且含有荧光素基因的shRNA真核表达质粒pshRNA,并将其转染Hep-2细胞,采取PCR琼脂糖凝胶电泳检验靶基因TRF2表达情况,流式细胞仪检测细胞凋亡,cell counting kit-8(CCK-8)法观察细...
我国科学家发现了一种受p53蛋白调控的非编码RNA-GUARDIN参与基因组稳定性调控的过程,如图所示,具体有两条路径:①GUARDIN与TRF2mRNA竞争性结合miRNA-23a,促进端粒重复序列结合因子(TRF2)的表达,增加TRF2的稳定性,进而维持端粒的稳定性;②GUARDIN作为支架分子,促进BRCA1与BARD1的结合,维持DNA的修复功能。回答下列问题:...
骨髓增生异常综合征的免疫表型和SURVIVIN、P15INK4B、TRF1基因表达
摘要:目的探讨骨髓增生异常综合征(MDS)特征性免疫表型,SURVIVIN、P15INK4B、TRF1基因表达程度,及其与临床病情进展的关系。方法抽取50例MDS患者骨髓细胞,用流式细胞学技术检测免疫表型;抽取单个核细胞,用RT-PCR方法检测SURVIVIN、P15INK4B、TRF1基因mRNA表达程度。结果与对照组相比,MDS患者骨髓细胞原始群CD7和CD34表达增多...