eQTL:expression quantitative trait loci, 表达定量性状基因位点,指控制特定基因表达的的一段DNA。 Cis-eQTL:又称local-eQTL,指距离调控的基因非常近eQTL,小于1Mb(更宽松的可用5Mb)。比如,该基因的promoter段的SNP。 Trans-eQTL:又称distal/ indirect-eQTL,距离调控的基因非常远的eQTL,大于5Mb以上,甚至不在同一条染...
Matrix是一款经典的eQTL分析软件,可以支持cis和trans-eQTL的分析,官网如下 http://www.bios.unc.edu/research/genomic_software/Matrix_eQTL/ 其运行速度快,官方给出的和其他工具的运行速度比较结果如下 支持线性回归和ANOVA等模型,同时支持协变量的矫正。该软件有对应的R包,使用简便,基本用法如下 1. 读取snp相关文...
4. 进行eQTL分析 代码如下 运行完成之后,查看对应的输出结果即可,cis和trans的输出结果是类似的,示意如下 cis和trans本质上就是通过SNP位点和gene之间的距离进行区分,首先对所有的SNP-gene对进行计算,然后根据距离阈值将结果进行拆分,小于阈值的SNP-gene对归于cis-eQTL, 大于阈值的归于trans-eQTL。 ·end· —如果...
该文件读取的代码如下 4. 进行eQTL分析 代码如下 运行完成之后,查看对应的输出结果即可,cis和trans的输出结果是类似的,示意如下 cis和trans本质上就是通过SNP位点和gene之间的距离进行区分,首先对所有的SNP-gene对进行计算,然后根据距离阈值将结果进行拆分,小于阈值的SNP-gene对归于cis-eQTL, 大于阈值的归于trans-eQTL。
Visualize trans-eQTL ResultsDaniel Fischer
网络反式数量性状区间 网络释义 1. 反式数量性状区间 ..., EGFR.NFl和PIK3C2G;262个基因反式数量性状区间(trans-eQTL)以及26miRNA反式数量性状区间。 cdmd.cnki.com.cn|基于 1 个网页
(eQTL) analyses using blood-derived expression from 31,684 individuals through the eQTLGen Consortium. We detectedcis-eQTL for 88% of genes, and these were replicable in numerous tissues. Distaltrans-eQTL (detected for 37% of 10,317 trait-associated variants tested) showed lower replication rates...
Each cis-SNP of a transcript was then tested for epistasis with all remaining SNPs, which were defined as trans-SNPs (ie, 86 613 SNPs minus the number of cis-SNPs per transcript). For the interaction eQTL mapping, the four different HapMap populations were used as categorical co-variates....
Siriluck, PonsuksiliPuntita, SiengdeeYang, DuNares, TrakooljulEduard, MuraniManfred, SchwerinKlaus, Wimmers
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