TPM的计算方法也同RPKM/FPKM类似,首先使用式2计算每个基因的表达值,去除基因长度的影响。随后计算每个基因的表达量的百分比,最后再乘以10^6,TPM可以看作是RPKM/FPKM值的百分比。 直接说事情,我有一个基因A,它在这个样本的转录组数据中被测序而且mapping到基因组了 5000个的reads,而这个基因A长度是10K,我们总测序文...
RPKM/FPKM适用于基因长度波动较大的测序方法,如lncRNA-seq测序,lncRNA的长度在200-100000碱基不等。 TPM (Transcript per million) TPM的计算方法也同RPKM/FPKM类似,首先使用式2计算每个基因的表达值,去除基因长度的影响。随后计算每个基因的表达量的百分比,最后再乘以10^6,TPM可以看作是RPKM/FPKM值的百分比。 (ht...
区别也就在这里,对于FPKM来说,配对到同一片段上的两个Read只会算作一个Read,也就是说FPKM是以Fragment为准,不以Read数为准,其他计算方式是完全一样的。 TPM TPM的计算方法同RPKM很类似,同样的对基因长度和测序深度进行标准化,只不过RPKM是先进行测序深度标准化,后进行基因长度标准化;而 TPM是「先进行基因长度标...
计算方式:TPM 的计算顺序不同,首先进行基因长度校正然后进行样本总量校正,而 RPKM 和 FPKM 首先进行样本总量校正后进行基因长度校正。 适用场景:RPKM 适用于单端测序,FPKM 适用于双端测序,而 TPM 则适用于比较不同样本的基因表达水平。 结果一致性:对于同一个样本,TPM 的总和是一致的(百万),而 RPKM 和 FPKM 则...
TPM与RPKM和FPKM是相似的,但是其对测序深度和基因长度归一化的顺序不一致,得到的结果也略有差别。 Step 1:对每个基因的长度进行归一化。每个基因的counts数除以其对应基因的长度,得到每kb碱基长度的counts数。 Step 2:对每个样本的测序深度进行归一化。在每个样本...
RPKM(Reads Per Kilobase of transcript, per Million mapped reads),可以这样理解,mapped的reads数目,先除以建库的大小(Mb),再除以转录本大小(Kb)。概念理解了,公式就很好写: RPKM=(mapped reads)/(total reads/1000000)/(transcript/1000) FPKM FPKM(Fragment Per Kilobase of...
即单端测序:reads=fragments,双端测序:2 * reads≈fragments而经过上游处理,双端测序两个reads可以对应一个片段的过程已经完成,最后得到的counts就已经相当于是片段fragments了,因此下游分析由counts计算RPKM、 FPKM这两者的公式完全一致。 TPM TPM(Transcripts Per Million, or Transcripts Per kilobase of exon model ...
FPKM与RPKM的计算过程相同,它们的区别是:RPKM用于单端测序结果,FPKM用于双端测序结果(如图2所示)。因为双端测序中,每一个fragment会包含两个reads,使用FPKM来计算基因的表达丰度时,可以避免把同一个fragment的两个reads计算两次(实际上只需要计算一次)。
基因表达量的衡量指标有:RPKM、FPKM、TPM。 RPKM:Reads Per Kilobase Million;说实话,这个英文说明真的很费解,其实可以理解为“Reads Per Kilobase Per Million Reads”,即“每一百万条Reads中,对基因的每1000个Base而言,比对到该1000个base的Reads数”,计算公式为: RPKM=待编辑(晕,不会编辑公式,先占个坑) ...
转录组表达量计RPKM、FPKM、TPM说明 在转录组测序(RNA-Seq)中,基因的表达量是我们关注的重点。基因表达量的衡量指标有:RPKM、FPKM、TPM。 RPKM:Reads Per Kilobase Million;说实话,这个英文说明真的很费解,其实可以理解为“Reads Per Kilobase Per Million Reads”,即“每一百万条Reads中,对基因的每1000个...