于是 TPM 这个选项是没啥问题的。 当然,我们可以发现,其实 TPM 就是 FRKM 的比值... 它本身成为细胞中某个转录本相比于细胞中转录本总数的比值。既然是绝对的比值,那么加和,一定是 1。由于增加了10^6,所以 TPM 的加和一定是这个数目。 这里提一个情况,我们都很清楚,每个细胞中转录本数目是不同的。样本A...
同RPKM一样,TPM对基因的长度进行了校正,计算比对到基因上的reads/基因长度得到长度校正的表达量 reads per kilobase (RPK)。再以文库中RPK之和作为Scale Factor求出TPM。 相比于RPKM使用read counts之和来作为文库校正因子,TPM使用RPK之和作为文库校正因子的好处是考虑了不同样本间的基因长度的分布。因为RPK是一个...
二者区别仅在于，Fragment与Read。RPKM的诞生是针对早期的SE测序，FPKM则是在PE测序上对RPKM的校正。只要明确Reads和Fragments的区别，RPKM和FPKM的概念便易于区分。Reads即是指下机后fastq数据中的每一条Reads，Fragments则是指每一段用于测序的核酸片段【双端序列即使丢弃1端reads，让按照1个Fragments计算】...
同RPKM一样,TPM对基因的长度进行了校正,计算比对到基因上的reads/基因长度得到长度校正的表达量 reads per kilobase (RPK)。再以文库中RPK之和作为Scale Factor求出TPM。 相比于RPKM使用read counts之和来作为文库校正因子,TPM使用RPK之和作为文库校正因子的好处是考虑了不同样本间的基因长度的分布。因为RPK是一个...
区别是FPKM考虑到两次读取可以映射到一个片段(因此它不会对该片段进行两次计数)。 TPM与RPKM和FPKM非常相似。唯一的区别是操作顺序。... 遥感中DN、NPTS、total、percent、acc pct指什么 你是在统计(Statistic)中看到的这些量吧,以ENVI中自带的can_tmr.img数据为例DN--代表影像中像元 猜你关注广告 1纳斯达克 ...
1. 学术界已经不再推荐RPKM、FPKM; 2. 比较基因的表达丰度,例如哪个基因在哪个组织里高表达,用TPM做均一化处理; 3. 不同组间比较,找差异基因,先得到read counts,然后用DESeq2或edgeR,做均一化和差异基因筛选;如果对比某个基因的KO组和对照,推荐DESeq2。