比较三者的定义,我们可以发现,FPKM和TPM两种标准化方法的计算公式,其分子是完全相同的,唯一的区别在于对于分母处的处理方式。如果已知FPKM的话,那么TPM的值就是可以通过FPKM除以FPKM值的总和,再乘以10的6次方而得到。相对来讲,就标准化程度而言,FPKM值是不如TPM值的,因此在后续的分析过程中我们一般是推荐
TPM的计算过程是这样的: tp=transcript/1000 TPM=Fragment/tp/(colsum(tp)/1000000) TPM被认为比FPKM和RPKM更为准确,在衡量基因表达水平方面。但是由于TPM和FPKM或RPKM又有一定的数学转换关系,所以即便TPM被认为更为准确,FPKM/RPKM也还在继续被使用。 下面我以一组简单的基因表达...
1、从总量上,像fpkm,TPM这些,都是试图从这个方面上normalize,不然你认为他们为什么不直接比较 read 数目呢? 2、利用内参基因(一般是表达稳定的),有一些研究,再计算fpkm 或 TPM这些值后,从两个样本中找排名最保守的前1000名,找到一个因子将相对应的基因表达值调到一致,再利用这个因子调其他的基因,这一例就是从...