Alexa A, Rahnenfuhrer J (2019).topGO: Enrichment Analysis for Gene Ontology. R package version 2.36.0. DOI:10.18129/B9.bioc.topGO 1. 关于topGO& 安装三连 topGO的设计旨在实现 GO term 的半自动富集分析。一个主要优点是它提供的统一化的基因集检测方案 (the unified gene set testing framework)...
其中GO(Gene Ontology)和KEGG(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes)数据库是两个常用的生物学功能注释数据库,科学家通常是使用来超几何分布检验这个统计学算法做富集分析,即通过比较实际观察到的基因集合(几十个或者几百个)中特定功能或通路的基因数量与随机期望的数量来判断其是否富集。 但是GO数据库 注释通常包...
其中GO(Gene Ontology)和KEGG(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes)数据库是两个常用的生物学功能注释数据库,科学家通常是使用来超几何分布检验这个统计学算法做富集分析,即通过比较实际观察到的基因集合(几十个或者几百个)中特定功能或通路的基因数量与随机期望的数量来判断其是否富集。 但是GO数据库 注释通常包...
其中GO(Gene Ontology)和KEGG(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes)数据库是两个常用的生物学功能注释数据库,科学家通常是使用来超几何分布检验这个统计学算法做富集分析,即通过比较实际观察到的基因集合(几十个或者几百个)中特定功能或通路的基因数量与随机期望的数量来判断其是否富集。 但是GO数据库 注释通常包...
其中GO(Gene Ontology)和KEGG(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes)数据库是两个常用的生物学功能注释数据库,科学家通常是使用来超几何分布检验这个统计学算法做富集分析,即通过比较实际观察到的基因集合(几十个或者几百个)中特定功能或通路的基因数量与随机期望的数量来判断其是否富集。
str(ORAgeneList)# Factor w/ 2 levels "0","1": 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 ...# - attr(*, "names")= chr [1:17762] "1" "10" "100" "1000" ... ### enrichment analysisORAGOdata<-new("topGOdata",ontology="BP",allGenes=ORAgeneList,annot=annFUN.gene2GO,gene2GO=geneID2GO...
[a/s/n]: 3.运行和验证 1)查看R语言库。 library() 在回显的R包列表会出现如下信息: topGO Enrichment Analysis for Gene Ontology 2)引入topGO包。 library("topGO") 未出现报错信息则代表引入成功。上一篇:创建弹性伸缩组CreateScalingGroup 下一篇:哪些网站内容适合用CDN技术进行加速?
Gene set enrichment analysis with topGO 来自 ResearchGate 喜欢 0 阅读量: 234 作者: A Alexa,J Rahnenfuhrer 展开 摘要: Gene Set and Protein Set Expression Analysis 展开 关键词: Gene set enrichment analysis statistics software DOI: doi:10.1007/978-0-387-77240-0_13 被引量: 10 ...
goterm表示例(gene-to-GO annotations ): 2.2、Running enrichment tests:进行富集分析,用任何可行的混合统计测试和方法来处理 GO拓扑结构(GO topology) 2.3、Analysis results:用 summary functions 和 visualisation tools对第二步进行统计和可视化 3)简单示例(guide) ...
https://datacatz.wordpress.com/2018/01/19/gene-set-enrichment-analysis-with-topgo-part-1/ https://www.biostars.org/p/325421/ https://www.biostars.org/p/116212/ https://www.biostars.org/p/350710/#350712 Author:Kevin Blighe The function can be used in different ways but the input ge...