(1) 确定 TO-GCN 的 PCC 截止值, (2) 使用初始 TF 种子生成 TO-GCN 级别的 TF 基因列表,以及 (3) 在每个 TO- GCN 级别生成一个基因列表。 地址:https://github.com/petitmingchang/TO-GCN_STAR-Protocol 注:这里的TF指转录因子。 准备基因表达数据 在进入管道之前,我们需要准备两个具有不同时间点的...
然后对这八种情况分别构建基因共表达网络(GCN)。 Fig 1b 由于选用的是时间序列数据,所以构建共表达网络之后,可以根据随时间的表达量变化得到每个阶段有哪些基因或者转录因子在发挥作用,构建一系列的时序网络 (Fig 1b)。 03 利用TOGCN揭示生物学过程 Fig 2a-c 在八种网络中,LD+TD+表示在LD和TD下均表现出正的...
八个GCN的输出文件以逗号分隔的值(.csv)格式列出。五列分别表示TF基因ID、共表达类型、基因ID、条件1下的PCC、条件2下的PCC。 Step3-TO-GCN: Determining time-ordered level in the interesting GCN Fig 7 第三步即确定感兴趣的GCN中节点的时间顺序。 时间顺序由广度优先搜索算法(BFS)分配,需要指定一个种子节...
这五列分别代表TF基因ID、共表达类型、基因ID、条件1下的PCC、条件2下的PCC。您可以将这些基因对导入到网络生成工具中,如Cytoscape,以获得GCN的可视化。要运行GCN程序,您必须再提供4个参数(总共8个参数),以指示条件1和2的正分界值以及条件1和2的负分界值。 #确定感兴趣的GCN中的时序级别 最后一步是确定GCN中...