TM-align 是一种经典且广泛使用的蛋白质结构比对算法,它通过结合 TM-score 旋转矩阵和动态规划(Dynamic Programming,DP),在比对速度和精度上实现了重大突破。无论是解决蛋白质建模的盲预测,还是探讨错误折叠结构的潜在相似性,TM-align 都成为了研究者不可或缺的工具。本文主要探讨一下TM-align的算法原理及使用
什么是tmalign结构比对 tmalign是一种用于比对两个蛋白质结构的工具。它通过对比两个蛋白质的原子坐标以及残基之间的化学链接,来确定它们之间的相似性和差异性。tmalign采用了一种称为TM-score的指标来衡量结构的相似性,并输出包括RMSD(root-mean-square deviation)在内的统计信息,以全面评估两个蛋白质结构的对齐效果...
TMalign的输入是两个蛋白质结构的坐标文件,通常是PDB格式文件。这些文件包含了蛋白质的原子坐标信息,包括氨基酸序列和三维空间的原子坐标。 2.初始比对 TMalign首先对两个结构进行一个初始的全局比对。它根据两个结构的氨基酸序列进行比对,使用动态规划算法找到最佳的结构对齐方式。在此过程中,TMalign将两个结构之间的相...
tmalign结构比对原理tmalign是一种用于比对两个蛋白质结构的工具。其原理基于结构比对算法,通过对比两个蛋白质的原子坐标以及残基之间的化学链接,来确定它们之间的相似性和差异性。tmalign采用了一种称为TM-score的指标来衡量结构的相似性,以及一个调整指标来帮助优化结构的比对结果。 TM-score是tmalign中最重要的指标...
TM-align是由zhang yang LAB开发的一款做蛋白结构比对的软件。 下载链接:http://zhanglab.ccmb.med.umich.edu/TM-align/TMtools20170708.tar.gz平台:Linux 下载下来的为TMtools,压缩包里包含TM-align及TM-score的可执行文件及编译文件。 如果嫌安装麻烦,那你就可以使用可执行文件,但是作者推荐重新对两个工具进行...
TM-align是由zhang yang LAB开发的一款做蛋白结构比对的软件。 下载链接:http://zhanglab.ccmb.med.umich.edu/TM-align/TMtools20170708.tar.gz平台:Linux 下载下来的为TMtools,压缩包里包含TM-align及TM-score的可执行文件及编译文件。 如果嫌安装麻烦,那你就可以使用可执行文件,但是作者推荐重新对两个工具进行...
将“to align"翻译成中文 加盟, 对齐, 對齊是“to align"到 中文 的最佳翻译。 译文示例:The military component will create two additional sectors to align its operations with State structures. ↔ 军事部分将增建两个区,使其行动与州结构相衔接。 to align ...
TM-align是由zhang yang LAB开发的一款做蛋白结构比对的软件. 下载链接:http://zhanglab.ccmb.med.umich.edu/TM-align/TMtools20170708.tar.gz 平台:Linux 下载下来的为TMtools,压缩包里包含TM-align及TM-score的可执行文件及编译文件. 如果嫌安装麻烦,那你就可以使用可执行文件,但是作者推荐重新对两个工具进行...
本发明的技术构思为:首先,从蛋白质库中提取多域蛋白建立多域蛋白质库;然后,基于蛋白质结构比对工具tm-align计算模板蛋白对于每个单域蛋白的局部比对得分,并取最高值为模板的局部得分;其次,选出局部得分最高的前n(n取500)个模板进行全局评价,按照单域蛋白的比对顺序分多种情况进行评价,在评价过程中,模板中的各残...
我们的评分功能是Levitt–Gerstein(LG)评分的一种变体,该分数最初用于与序列无关的结构比对: 其中LN是自然结构的长度,LT是对齐的残基到模板结构的长度,di是第i对对齐的残基之间的距离,d0是将匹配差异归一化的标度。 “最大值”表示最佳空间叠加后的最大值。 TM分数的值始终介于(0,1]之间,更好的模板具有较高...