TMalign的输入是两个蛋白质结构的坐标文件,通常是PDB格式文件。这些文件包含了蛋白质的原子坐标信息,包括氨基酸序列和三维空间的原子坐标。 2.初始比对 TMalign首先对两个结构进行一个初始的全局比对。它根据两个结构的氨基酸序列进行比对,使用动态规划算法找到最佳的结构对齐方式。在此过程中,TMalign将两个结构之间的相...