TISCH收集了来自GEO和ArrayExpress的共76套高质量肿瘤单细胞转录组数据以及相应的病人信息,数据涵盖了27种癌症类型。此外,TISCH还收集了3套健康人群的外周血单核细胞(PBMC)数据,方便用户对照了解正常免疫细胞的基因表达水平。目前更新TISCH2数据库已经收录190个数据集的6297320个细胞。网址:http://tisch.comp-genomics.org...
TISCH2是一个专注于肿瘤免疫微环境的scRNA-seq数据库,该数据库目前收集了来自GEO和ArrayExpress的190个肿瘤scRNA-seq数据集,包括超过50种癌症类型的600万个细胞。TISCH2既可以进行单基因搜索查询,也可以对具体某个数据集进行探究。相比于一系列基于bulk转录组的反卷积/富集打分免疫浸润评估工具,TISCH2的数据直接来源于实...
TISCH:肿瘤微环境的scRNA-seq数据库 TISCH收集了人类和小鼠的肿瘤相关scRNA-seq研究,除了未经治疗的患者的数据集外,还包括那些接受过治疗的患者的数据集。该数据库在单细胞水平上提供详细的细胞类型注释,从而能够在不同的癌症类型中探索肿瘤微环境。 http://tisch.comp-genomics.org/ lDataset 该模块是根据癌症类型进...
今天我们介绍一个肿瘤免疫单细胞数据库——TISCH(Tumor Immune Single Cell Hub ,TISCH,http://tisch.comp-genomics.org)。该数据库相关文章发表在Nucleic Acids Res期刊(IF:14.9)。 目前的TISCH数据库包含27种癌症类型的79个数据集中的2045746个细胞,其中378392个为恶性细胞,1667354个为非恶性细胞。TISCH中有76个肿...
TISCH2，专注于肿瘤免疫微环境的scRNA-seq数据库，包含190个来自GEO和ArrayExpress的肿瘤scRNA-seq数据集，涉及600万个细胞，覆盖50多种癌症类型。数据库提供单基因查询功能，允许用户探索目标基因在不同数据集和癌症类型中的表达水平，以及在TCGA数据库中的风险比HR，并筛选与目标基因表达显著相关的基因。TIS...
数据库链接:http://tisch.comp-genomics.org/ TISCH2主要从基因模块和数据集模块两个层面进行单细胞数据探索,下面我们就一起学习如何使用吧! 1.基因模块 首先,在顶部菜单栏选择Gene,进入基因探索版块。在这里可探索目标基因在不同数据集、癌症类型、共表达基因和临床效果中的表达情况。我们以TP53,乳腺癌(BRCA)为例...
TISCH项目团队将对该数据库进行定期的更新与维护,吸纳新发表的肿瘤病人样本的单细胞转录组数据,建立肿瘤免疫微环境大数据平台,为癌症研究、肿瘤免疫研究提供更好的服务。 同济大学生命科学与技术学院王晨飞研究员、张帆研究员以及华西口腔医院李...
近日,同济大学王晨飞课题组和四川大学华西口腔医院李太文课题组再次合作在Nucleic Acids Research杂志上发表文章TISCH2: expanded datasets and new tools for single-cell transcriptome analyses of the tumor microenvironment,更新了TISCH数据库,涵盖了3倍于TISCH1的数据,并且提供了更为丰富的分析功能。
图1 TISCH数据库中的数据处理流程以及功能特征概览 TISCH提供了两个功能模块,数据集模块和基因模块。通过数据集模块,用户可以搜索感兴趣的数据集来进行深入的探究,文章以一套膀胱癌【4】的数据为例,展示了数据集模块的具体用法。如图2A所示,UMAP图、饼图和柱状图反映了肿瘤微环境的细胞组成,用户还可以研究基因在不同...
数据库使用 01 搜索基因在肿瘤中的表达 TISCH2提供了两个功能模块——数据集模块和基因模块。进入TISCH2的界面后,首先可以搜索我们感兴趣的基因。这里,我们搜索了明星基因TP53。Cancer type可以选择肿瘤类型或者选择泛癌,我们选择默认的乳腺癌。Cell type included in datasets可以选择关注的细胞类型,例如B细胞,CD4细胞...