TIMER是交互式web工具,能够全面、灵活地分析肿瘤浸润免疫细胞并可视化,采用反褶积方法从TCGA中不同癌症类型样本的基因表达谱中推断肿瘤浸润免疫细胞(B细胞、CD4+T细胞、CD8+T细胞、巨噬细胞、中性粒细胞和树突状细胞)的丰度。 如今,TIMER升级到了TIMER2.0版本(http://timer.cistrome.org/)。主要包含Immune,Exploration,...
Timer 2.0:TIMER 2.0提供了Immune Association、Cancer Exploration和 Immune Estimation三个模块,在Cancer Exploration模块的Gene_DE选项中输入目标基因名,点击提交,即可得到一个展示目标基因在TCGA全部33种癌症中的表达情况的箱线图。 这里我们还是关注它计算免疫细胞浸润相关性的功能: 一、TIMER 可以利用TIMER算法分析不同...
TIMER三大功能模块的直观输入和输出,对多癌型中特定基因和免疫细胞互作分析进行简化,更便于应用,为肿瘤免疫研究提供了一个全面的分析网络工具,你get了吗? REF:Li T, Fan J, Wang B, et al. TIMER: A Web Server for Comprehensive Analysis of Tumor-Infiltrating Immune Cells. Cancer Res. 2017;77(21):e10...
TIMER(Tumor Immune Estimation Resource)是一个免疫浸润分析的综合网站,旨在帮助研究人员评估肿瘤组织中的免疫浸润情况。该网站提供了一个可视化的界面,允许用户输入基因表达数据以及其他相关信息,然后使用不同的算法和模型来估计不同类型的免疫细胞浸润情况,包括T细胞、B细胞、巨噬细胞、NK细胞、树突状细胞等等,对于肿瘤免...
TIMER(Tumor Immune Estimation Resource)是一个免疫浸润分析的综合网站,旨在帮助研究人员评估肿瘤组织中的免疫浸润情况。该网站提供了一个可视化的界面,允许用户输入基因表达数据以及其他相关信息,然后使用不同的算法和模型来估计不同类型的免疫细胞浸润情况,包括T细胞、B细胞、巨噬细胞、NK细胞、树突状细胞等等,对于肿瘤...
01. Immune Association (1) Gene:免疫浸润与基因表达间的相关性. 你选择任何感兴趣的基因与免疫细胞类型,该模块能够对基因表达与多种肿瘤类型中免疫浸润水平的相关性进行可视化。 提交感兴趣的基因和免疫细胞类型后,将显示带有在各种癌症类型中纯度调整后spearman’s rho值的热图。颜色表示显著的正/负相关。
TIMER数据库的基础用法主要包括以下几点：访问与选择版本：TIMER提供了两个版本，用户可以根据需求选择适合的版本。初始版本已支持免疫浸润评估及TCGA数据的综合分析。TIMER 2.0版本在功能上更为全面，增加了Immune Association、Cancer Exploration和Immune Estimation三个模块。基因表达差异分析：通过Diff Exp模块...
首先进入官方(访问链接-http://timer.cistrome.org/),然后点击导航栏 “Estimation”或者页面中 “Immune Estimation”都可以。 进入Immune Estimation模块之后看到如下界面: 首先选择我们的编码基因表达矩阵文件(支持csv和txt格式的文本文件,测序、芯片的数据都可以),格式示例如下,表头是样本名称,第一列是编码蛋白的基因...
Timer可评估特定基因在33种癌症中的表达差异，通过其Diff Exp模块输入目标基因名，即可得到箱线图。Timer 2.0则增加了Immune Association、Cancer Exploration和 Immune Estimation三个模块，支持更全面的分析。关注Timer计算免疫细胞浸润相关性的功能。在Gene模块中输入基因名和癌症类型，分析后可看到目标基因...
TIMER(Tumor Immune Estimation Resource)数据库也是用高通量测序(RNA-Seq表达谱)数据分析肿瘤组织中免疫细胞的浸润情况,主要提供B cells,CD4+ T cells,CD8+ T cells,Neutrphils,Macrophages和Dendritic cells等六种免疫细胞的浸润情况(可以结合免疫浸润12讲)。界面友好,简单易学又方便。网址:/。