本综述将从数据库筛选信息到功能验证这一过程综述TF转录因子的研究进展。 首先,对于TF转录因子的研究,研究者通常会从大量的科学文献中搜集相关信息。与之相伴的是建立了多个数据库以储存和整理这些信息,如:JASPAR、TRANSFAC、ChIPBase、ENCODE等。这些数据库中包含了大量的TF转录因子的注释信息、结构信息、调控元件信息...
小编今天发现一个最新的转录因子数据库，来源于昨天刚刚见刊的文章。给大家分享一下 TFcancer: a manually curated database of transcription factors associated with human cancer 网址：http://lcbb.swjtu.edu.cn/tfcancer/index.html 复制上面的网址，打开以后是这样的 这个数据库很好使用，所有功能一目了然，可...
3、找预测转录因子: 接下来,打开PROMO数据库,http://alggen.lsi.upc.es/cgi-bin/promo_v3/promo/promoinit.cgi?dirDB=TF_8.3,首先选择左侧SelectFactors,我们选择human,点击SearchSites,把刚才查找的KTN1启动子序列复制进去,错误率设置为0,点击submit。 可以看到,KTN1 promotor的转录因子预测有18个。分别点击进去...
http://cistrome.org/db/#/数据库 输入你感兴趣的转录因子,比如HDAC1 选择物种,以及你感兴趣的cell type 点击可以查询”check a putative target“ 也可以下载全部的”Putative Target“ 最后个性化绘图 总结: 适合辅助分析,提供额外的fancy的证据,还是有一定的power的。 绘图代码: library(ggplot2)library(RColorBr...
网址:http://lcbb./tfcancer/index.html 复制上面的网址,打开以后是这样的 这个数据库很好使用,所有功能一目了然,可以搜索,浏览,下载,上传。浏览的网速也很快。该数据库通过手工整理1800多篇文献,收录3136个实验支持的364个TFs在33个TCGA癌症之间的关联。不出意外的话,后期还会继续更新,V2,V3... 文章继续发起...
3、找预测转录因子: 接下来,打开PROMO数据库,http://alggen.lsi.upc.es/cgi-bin/promo_v3/promo/promoinit.cgi?dirDB=TF_8.3,首先选择左侧SelectFactors,我们选择human,点击SearchSites,把刚才查找的KTN1启动子序列复制进去,错误率设置为0,点击submit。
3、找预测转录因子: 接下来,打开PROMO数据库,http://alggen.lsi.upc.es/cgi-bin/promo_v3/promo/promoinit.cgi?dirDB=TF_8.3,首先选择左侧SelectFactors,我们选择human,点击SearchSites,把刚才查找的KTN1启动子序列复制进去,错误率设置为0,点击submit。
3、找预测转录因子: 接下来,打开PROMO数据库,http://alggen.lsi.upc.es/cgi-bin/promo_v3/promo/promoinit.cgi?dirDB=TF_8.3,首先选择左侧SelectFactors,我们选择human,点击SearchSites,把刚才查找的KTN1启动子序列复制进去,错误率设置为0,点击submit。
http://cistrome.org/db/#/数据库 输入你感兴趣的转录因子,比如HDAC1 选择物种,以及你感兴趣的cell type 点击可以查询”check a putative target“ 也可以下载全部的”Putative Target“ 最后个性化绘图 总结: 适合辅助分析,提供额外的fancy的证据,还是有一定的power的。
进入http://cistrome.org/db/#/数据库 输入你感兴趣的转录因子,比如HDAC1 选择物种,以及你感兴趣的cell type 点击可以查询”check a putative target“ 也可以下载全部的”Putative Target“ 最后个性化绘图 总结: 适合辅助分析,提供额外的fancy的证据,还是有一定的power的。