AnimalTFDB是一个全面的数据库,有经过鉴定、分类和注释的183个物种全基因组水平的274633个转录因子基因和150726个转录辅助因子基因,并将转录因子分为73个家族,转录辅助因子分为82个家族。 进入官网(https://guolab.wchscu.cn/AnimalTFDB4/#/),首页简要介绍了AnimalTFDB收录内容和数据来源。分为Family、Species、Sear...
AnimalTFDB是一个全面的数据库,有经过鉴定、分类和注释的97个物种全基因组水平的125,135个TF基因和80,060个转录辅因子基因,由华中科技大学郭安源教授团队建立并维护其中,根据转录因子DNA结合结构域(DBD),将TF进一步分为73个家族,根据TF辅助因子功能分为83个家族和6类。还提供多种搜索浏览方式(Famliy、Species或自定...
P-value用来评估预测的转录因子结合位点（TFBS）的显著性，P value越小表示预测的TFBS可信度越高。Q-value用于进一步校正P-value，Q-value越小表明预测结果越可靠。Blast 该模块可用于查询同源基因和探索研究较少的转录因子的功能。在页面左侧文本框选择BLAST程序和物种，设置E value值，根据选择的BLAST程序输入DNA或蛋...
(iv)TF预测服务,用于从输入序列中识别新的TF,以及 (v)BLAST服务器,用于在AnimalTFDB中搜索TF。 介绍一个研究转录因子的常用数据库——AnimalTFDB:(http://bioinfo.life.hust.edu.cn/AnimalTFDB/) 我们看到的是9月11号更新过的3.0版本的数据库:AnimalTFDB 3.0: a comprehensive resource for annotation and pred...
AnimalTFDB 3.0版本中作者鉴定、分类和注释了97个物种全基因组水平的125,135个TF基因和80,060个转录辅因子基因。其中,根据转录因子DNA结合结构域(DBD),将TF进一步分为73个家族,根据TF辅助因子功能分为83个家族。新版本除了在数据上的扩展外,还提供多种搜索浏览方式(Famliy、Species或自定义搜索)、2个在线预测工具Pr...
PlantTFDB植物转录因子预测 PlantTFDB植物转录因子预测转录因子(Transcription Factor, TF),也称反式作用子(trans-actingfactor),是位于细胞核内能够与基因启动子区域中顺式作用元件发生特异性相互作用,从而调控目的基因以特定强度/时空表达的蛋白质分子。 植物转录因子不仅在植物体的生长发育和形态建成等生理活动中发挥重要...
PlantTFDB和PlantRegMap是北京大学高歌课题组开始的目前使用最广泛的植物转录因子数据库,可以帮助我们方便快速的进行一系列转录因子分析。 图1 利用PlantTFDB数据库(http://planttfdb.gao-lab.org/index.php)对TF进行注释,该数据库已经对100多个物种进行了TF注释,如果我们研究的物种正好被注释且所选用的参考基因组一致...
该模块可以从提供的蛋白质序列中预测转录因子。在页面左侧文本框中输入目的蛋白质序列,网站默认显示示例,输入格式可参考示例。一次可上传多条序列,点击文本框下方的“Submit”,右侧即显示预测结果,包括蛋白质序列中识别到的转录因子所属家族、全长和结构域的“E-value”值。“E-value”被用来确定转录因子的DNA结合域...
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