某度百科中是这么介绍的:转录因子结合位点(Transcription factor binding site,TFBS)是与转录因子结合的DNA片段,长度通常在5~20 bp范围内,一个转录因子往往同时调控若干个基因,而它在不同基因上的结合位点具有一定的保守性,又不完全相同。 好了,接下来我们看如何预测整个物种的转录因子和转录因子结合位点。 首先介绍...
动态可视化:使用交互式基因组浏览器功能可视化 TFBS 预测,以获得更深入、更可操作的见解。 综合报告:接收根据您的研究需求量身定制的详细、可定制报告。 🔗 通过以下链接了解更多我们的工具: https://genexplain.com/transfac-features-and-packages/prediction-of-human-tfbs/ #GeneRegulation #Bioinformatics #Transcri...
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GimmeMotifs在多个领域具有广泛的应用前景,包括但不限于: 基因表达调控的研究:通过识别和分析TFBS,揭示基因表达的时空特异性调控机制。 转录因子功能的研究:发现新的转录因子及其结合模式,探究其在基因调控网络中的作用。 疾病相关基因调控网络的研究:分析疾病相关基因的TFBS变化,揭示疾病发生的分子机制。 四、使用GimmeMo...
本文提出了一种基于序列多粒度信息与TFBS(转录因子结合位点)的增强子-启动子相互作用预测方法,以期为基因表达调控研究提供新的思路和方法。 二、问题描述 增强子与启动子是调控基因表达的重要元件,它们之间的相互作用对基因的表达起着关键作用。然而,由于生物分子的复杂性和动态性,以及缺乏足够的数据支持,预测增强子-启动...
在拿到ChIP-seq数据后，如何进行TFBS预测呢？转录因子结合的目的基因是未知的。本人在熟悉一下有关研究...
🌟转录因子结合位点(TFBS)是转录因子在基因组上结合的特定位置(DNA序列)。 🌟常用的转录因子结合位点分析网站:•JASPAR:收录已发表的转录因子结合位点信息•LASAGNA-Search:转录因子结合位点检索和可视化•PROMO:预测DNA序列中可能存在的转录因子结合位点•TRAP:预测转录因子与DNA结合亲和力 #转录因子 #基因表达调...
本文提出的基于序列多粒度信息与TFBS的增强子-启动子相互作用预测方法,主要包括以下步骤: 1.数据收集与预处理:收集增强子、启动子及相关TFBS的序列数据,并进行预处理,包括去除低质量序列、转换序列格式等。 2.多粒度特征提取:从基因序列中提取多种粒度的特征信息,包括单核苷酸多态性(SNP)、二核苷酸重复序列、三核苷酸重...
在拿到ChIP-seq数据后，如何进行TFBS预测呢？转录因子结合的目的基因是未知的。本人在熟悉一下有关研究...
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