为了探究共凝聚现象的基因调控功能，研究人员首先在瞬转体系中利用实时转录报告系统展示TF/p300共凝聚物能以时空特异性的方式激活基因转录（图1），然后构建了稳定整合有十余个能同时报告转录和蛋白表达的基因位点的细胞株，并在该细胞株中转入多种TF用于分析。通过比较rTetR-p65TAD和rTetR-p53TAD调控的下游基因表达的...
4、ChIP实验验证是否结合:上面假设我们最后选择了XBP-1这个TF,可以看到,XBP-1与KTN1的预测结合位点在AGTCAT,那么ChIP实验被应用,设计包含AGTCAT序列的KTN1引物,买个ChIP kit检测,很漂亮,确实有变化。之后就是通过luciferase或者EMSA套路的方法检验二者是否在这个结合位点结合,验证完毕。 5、与TF相互作用的共调控因子...
AUC:曲线下面积(用于计算 NES); TFinDB:指示突出显示的TF是否包含在高置信度注释(两个星号)或低置信度注释(一个星号)中;TF_highConf:根据“motifAnnot_highConfCat”注释到motif的转录因子;TF_lowConf:根据“motifAnnot_lowConfCat”注释到motif的转录因子;richedGenes:在给定基序上排名较高的基因;nErnGenes:排名...
2021年11月1日加州大学研究团队在molecular systems biology发表了一篇名为“A genome-scale TF–DNA interaction network of transcriptional regulation of Arabidopsis primary and specialized metabolism”的文章揭示了拟南芥初级和特化代谢转录调控的基因组规模的 TF-DNA 相互作用网络。相应的基因组水平的代谢转录调控图谱...
此前的TF-centered Y1H 可以确定结合的基序,然而,它必须使用Sanger测序技术对阳性克隆进行逐一测序,存在效率低的缺点也不能像ChIP-Seq那样识别基序特定位置不同碱基的频率。 南京瑞源生物技术有限公司研发团队联合沈阳农业大学王玉成研究团队对传统TF-centered Y1H改良升级,将可全面识别TF结合潜在基序最新实验策略的科研成...
《2023-02-08对候选基因(GWAS\转录组)进行GO注释(气泡图和柱形图)》 https://www.jianshu.com/p/126feda902a0 二、对TF和DEG进行相关性分析 1、准备文件01.csv 图片.png 2、对基因进行相关性分析 python Corr.py 01.csv 01_0.5.xlsx spearman 0.5 ...
下列关于转录因子( TF )的叙述正确的是 A. 是真核生物 RNA 聚合酶的组分 B. 参与真核生物转录的起始、延长和终止阶段 C. 是转录调控中的反式作用因子 D. 是真核生物的启动子 E. 是原核生物 RNA 聚合酶的组分 相关知识点: 试题来源: 解析 转录因子,反式作用因子中,直接或间接结合 RNA 聚合酶的蛋白...
百度试题 结果1 题目关于转录因子(TF)的叙述正确的是 A. 是真核生物RNA聚合酶的组分 B. 是真核生物转录调控中的反式作用因子 C. 是原核生物RNA聚合酶的组分 D. 是真核生物的启动子 E. 本质是DNA分子 相关知识点: 试题来源: 解析 B 反馈 收藏 ...
| 🌟转录因子(TF)是一类能够与DNA上特定基序结合并调节基因转录的蛋白。 🌟作为反式作用因子,转录因子通过结合基因组(如启动子、增强子等)上顺式作用元件,从而调节基因的转录激活或抑制。 🌟转录因子功能:•结合启动子序列,帮助形成转录起始复合物•结合增强子序列,激活基因转录•先驱转录因子可以招募修饰酶,...