虽然相同的TCR可能更倾向于识别相同的抗原,但也观察到存在交叉反应性,其中单个TCR具有识别多个pMHC对的能力(14-16)。因为TCR的交叉反应性有可能使T细胞群的表征和监测复杂化,因此在分析TCR测序和验证抗原特异性时,这一点不容忽视。 方法与结果 1.文库制备及测序方法 1 多重PCR和5’RACE建库 在T细胞库制备过程中,...
该方法成功地回顾性鉴定了导致致命心脏毒性的MAGE-A3和TITIN表位之间的交叉反应性。 而针对这一技术存在的缺陷,其他团队开发了一种“X-扫描”,以调查TCR与表位的交叉反应,其中靶肽的每个残基都突变为所有可能的氨基酸,将最终的结果与数据库...
由于这些困难,pMHC-TCR 结合对的总样本空间里只有一小部分得到了实验验证。从 VDJdb、McPas-TCR、IEDB 数据集可获得的唯一 TCR 表位对接近 100 万个,而其中只有 4% 包含完整的链配对信息。据统计,与 TCR 结合的所有抗原肽中,约 ...
虽然相同的TCR可能更倾向于识别相同的抗原,但也观察到存在交叉反应性,其中单个TCR具有识别多个pMHC对的能力(14-16)。因为TCR的交叉反应性有可能使T细胞群的表征和监测复杂化,因此在分析TCR测序和验证抗原特异性时,这一点不容忽视。 方法与结果 1.文库制备及测序方法 1 多重PCR和5’RACE建库 在T细胞库制备...
T细胞的活化取决于TCR–pMHC的结合动力学,而TCR–pMHC的结合动力学又受肿瘤细胞或APC细胞膜上抗原密度的影响。尽管TCR亲和力与T细胞活性之间的相关性存在一些分歧,但选择高亲和力TCR或通过定向进化微调TCR的亲和力都是改善TCR-T抗肿瘤反应的技术手段。 从数据中选择稳定的scTCRs克隆 ...
因此,作者得出结论,TRB N(D)Nnt长度的差异是TILs的一个特征,而健康人群的外周T细胞没有该差异,这可能表明不同TIL亚群中CDR3长度的结构变化与不同pMHC复合物的亲和力以及它们在肿瘤微环境中的可用性有关。而CDR3aa中心5-mer中使用正或负带电氨基酸的差异是CD4+和CD8+细胞固有的TCR特征。
以152种不同的异二聚体蛋白质复合物为基准,对瞬时蛋白质复合物进行端到端建模的准确性进行系统评估,这些测试用例包含了三种对接难度级别和3类相互作用类别,包括含酶复合物、抗体-抗原复合物以TCR-pMHC复合物,…
由于HLA-抗原-TCR三元组样本有限,研究团队设计了两阶段渐进训练策略,最大化利用可用的pHLA和pTCR成对结合数据。实验结果表明,这一策略显著提升了模型在pHLA和pTCR结合预测任务中的性能。 跨注意力分数揭示关键肽位点 通过交叉注意力机制,研究团队识别出了一些关键氨基酸位点,显示这些位点在肽与HLA和TCR的结合过程中具...
不过,TCR-T技术的发展进程相对较慢,目前主要面临三个技术难点:T细胞获取和提纯困难、选择新的安全的靶点、以及需要与患者的HLA等位基因相匹配才能识别pMHC并杀伤癌细胞,因此筛选合适的HLA配型也非常重要。 为了攻克这些难题,全球医药研究者们正在积极进行攻关。由周鹏辉教授带领的泛恩生物团队,长期致力于打磨TCR-T技术,...
TCR-pMHC结合的计算预测 近年来,新抗原预测已经从仅仅关注抗原肽转向它与TCR的相互作用(表2)。先前研究发现TCR序列的长度和TCR CDR3内的精氨酸数量都会影响T细胞识别。有研究提出了一种新的策略,用其表位结合的特异性来注释完整的TCR库,并在三个独立的数据集中进行了验证。接种疫苗后抗原特异性TCR谱系增加。人工智能...