从苹果功能基因组数据库下载 TCP 转录因子家族序列; 从GDR 数据库下载金冠苹果全基因组序列,构建本地 Blast 数据库,以拟南芥 TCP 转录因子家族基因序列执行本地 Blast( 1e -003) 搜索; 合并两部分结果,利用 Perl 程序筛选,去掉重复序列,所得结果再利用 PFAM 及 NCBI - CDD 工具进行蛋白结构预测,删除不含 TCP...
利用已知的拟南芥TCP基因和大豆基因组数据库,通过生物信息学方法,鉴定并获得了大豆TCP家族基因序列,基因定位信息。共鉴定大豆TCP基因54个,分布在大豆除14号染色体外的其他19条染色体上。对54个基因进行进化和聚类分析及功能结构域的分析,发现全部具有高度保守的TCP结构
发现全部具有高度保守的TCP结构域.根据结构域差异和系统发育分析的结果,将大豆TCP转录因子家族分成2个TCP亚家族.以生物信息学手段和已有的其他物种的TCP基因进行了比较分析,大豆TCP基因占总数的3.5%,与拟南芥同源基因比较,序列长度存在相似性.对启动子元件分析显示,TCP基因含有大量与在子叶、根、茎处大量表达有关的元件...
TCP转录因子 结构域分析 功能预测 摘要: 利用已知的拟南芥TCP基因和大豆基因组数据库,通过生物信息学方法,鉴定并获得了大豆TCP家族基因序列,基因定位信息.共鉴定大豆TCP基因54个,分布在大豆除14号染色体外的其他19条染色体上.对54个基因进行进化和聚类分析及功能结构域的分析,发现全部具有高度保守的TCP结构域.根据结构...