unstranded:表示 RNA-Seq 数据在处理时没有考虑链的方向性。 stranded_first:表示 RNA-Seq 数据是链特异性的,并且第一条链(通常是正义链)被考虑。 stranded_second:表示 RNA-Seq 数据是链特异性的,并且第二条链(通常是反义链)被考虑。 tpm_unstrand:表示未区分链的 TPM(Transcripts Per Million)值。这是另...
数据下载说明：老版界面中RNA- Workflow Type: HTSeq - FPKM-UQ选项不存在，新版的.tsv文件将unstranded、stranded_first 、stranded_second、 tpm_unstranded 、 fpkm_unstranded 和fpkm_uq_unstranded数据合并。使用程序对五种癌症的数据集进行分类，每种癌症都有两类：实体组织正常和原发性肿瘤。使用...
主要包含以下几种,依次对应index 1-6。 [1] “unstranded” “stranded_first” “stranded_second” [4} “tpm_unstrand” “fpkm_unstrand” “fpkm_uq_unstrand” library(SummarizedExperiment) assayNames(data) ## [1] "unstranded" "stranded_first" "...
# 查看每个assay的名字 names(assays(se)) ## [1] "unstranded" "stranded_first" "stranded_second" "tpm_unstrand" ## [5] "fpkm_unstrand" "fpkm_uq_unstrand" 每个基因属于mRNA还是lncRNA存储在rowData中,这个rowData你可以理解为一个包含基因各种信息的数据框。 其中gene_type是基因类型,帮助我们区...
在这里需要注意的是:由于gdc官网更新到了2.0,因此老版界面中RNA- Workflow Type: HTSeq - FPKM-UQ选项不存在了,推测原因为老版的.txt文件可以只单独地导出FPKM-UQ数据,而在新版的.tsv文件中将unstranded、stranded_first 、stranded_second、 tpm_unstranded 、 fpkm_unstranded 和fpkm_uq_unstranded全部合并在了...
在TCGA的数据中,每个基因的unstranded表达数值=stranded_first+stranded_second。以及官方转换好的FPKM/TMP数据均基于unstranded的数据,因此笔者认为,我们日常常规分析的时候,就仍然使用unstranded的数据就好,stranded的数据可能适用于更精细的研究。 转自:“科研Z库”微信公众号 ...
(gene.data)) # 获得表达数据 ,注意这里表达数据有6种,可以根据i参数指定: # unstranded stranded_first stranded_second tpm_unstrand fpkm_unstrand fpkm_uq_unstrand data_expr <- assay(gene.data,i = "unstranded") #修改ensembl ID 为基因name data_expr<-ensemblToName(data_expr,gene.info) #数据...
=> stranded_first => stranded_second => tpm_unstrand => fpkm_unstrand => fpkm_uq_unstrand => Saving file: tcga_read.rdata => File saved class: RangedSummarizedExperiment dim:60660177 metadata(1): data_release assays(6): unstranded stranded_first...fpkm_unstrand fpkm_uq_unstrand ...
##=>stranded_first ##=>stranded_second ##=>tpm_unstrand ##=>fpkm_unstrand ##=>fpkm_uq_unstrand ##=>Saving file:example.rdata ##=>File saved 这样我们的数据就整理好了: 下次使用直接load即可: 代码语言:javascript 代码运行次数:0
"stranded_first"; "stranded_second"; "tpm_unstranded"; "fpkm_unstranded"; "fpkm_uq_unstranded" 对于文件中的信息 下面就可以获取数据了,想要什么就获取什么。一般就是TPM和FPKM。 jsonFileInfo<-processingJsonFiles(jsonFile="metadata.cart.2022-04-05.json")filepath=dir(path="./data",pattern="cou...