建立一个多基因信号,以帮助更好地III期肾细胞癌(RCC)患者的预后进行预测。方法 ★从GEO数据库中下载GSE53757数据集,包括14对癌症和正常组织的表达数据,从TCGA数据库中下载16对mRNA,表达谱数据(下载的是RNA-seq测序数据,需要提取mRNA数据)。★差异表达分析,对共同差异表达基因进行进一步分析。★对TCGA中选择肾癌Ⅲ期...
在2021年10月发表的一篇7分+的纯生信文章中,作者分析左半结肠癌(LCC)和右半结肠癌(RCC)具有独特的分子特征和临床异质性,旨在确定LCC和RCC的免疫细胞浸润(ICI)亚型以评估其预后和治疗效果。 研究过程中,作者便从TCIA数据库下载了结肠癌患者的免疫表型评分(IPS) 思维发散: 肿瘤分型文章比较重要的结论就是分型后构...
我们发现在RCC肿瘤组织中有三个与脂肪形成和mtorc1信号通路的基因高表达(Fig S2-H),该结果证实了GSEA的结果。此外,一些研究发现METTL3可以参与脂肪形成和mTORC1信号传递途径,这与我们的结果是一致的。需要进一步的研究来说明METTL3和METTL4对下游基因的调控作用 Fig S2-H 材料和方法 伦理声明 所有临床数据,CNV,突变...
is.na(rnaseq2.var))# PartII:Merge the two data typesforintegrated analysis met.rnaseq2<-OMICSBind(dat1=rnaseq.data,dat2=met.data)# PartIII:PerformCCAon merged data,XandYlusc.cc <- rcc(t(met.rnaseq2$X),t(met.rnaseq2$Y),0.75025,0.5005) 点击进入这篇文章的附件,值得下载打印背诵...
肾细胞癌(RCC)是起源于肾实质泌尿小管上皮系统的恶性肿瘤,又称肾腺癌,简称为肾癌,占所有癌症的2%~3%,在过去的20年里,肾癌的发病率增加了约2%,其致死率在泌尿系统肿瘤中居首位、发病率居第二位,仅次于膀胱癌 [ 1 , 2 ]。男性为女性的1.5倍,发病高峰在60~70岁之间 [ 3 ]。2016年WHO根据RCC细胞起源以及基...
肾细胞癌(renal cell carcinoma,RCC)是最常见的泌尿系肿瘤,肾透明细胞癌(clear cell renal cell carcinoma,ccRCC)约其占70-80% [1] 。ccRCC发病机制目前尚不清楚,可能与吸烟、遗传等因素相关。其对放、化疗不敏感,局部手术治疗是早期肾癌的主要治疗方法。晚期肾癌的靶向药物选择因为缺乏明确的靶点而非常局限。 [2...
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目录 中文摘要I 英文摘要III 常用缩写词中英文对照表VI 前言1 1 材料与方法3 1.1 数据采集3 1.2 统计学分析3 2 结果5 2.1 肾透明细胞癌肿瘤组织与癌旁组织中23 种RNAm6A 甲基化调节因子的 mRNA 表达情况5 2.2 肾透明细胞癌肿瘤组织中23种RNAm6A 甲基化调节因子的mRNA 表达间 的相关性分析6 2.3 肾透明细胞...
建立一个多基因信号,以帮助更好地III期肾细胞癌(RCC)患者的预后进行预测。 方法 ★从GEO数据库中下载GSE53757数据集,包括14对癌症和正常组织的表达数据,从TCGA数据库中下载16对mRNA,表达谱数据(下载的是RNA-seq测序数据,需要提取mRNA数据)。 ★差异表达分析,对共同差异表达基因进行进一步分析。