数据获取与整理从TCGA数据库获取OS生存资料，下载OncoLnc结果页面的excel文件。文件包括样本名、时间、生存状态、基因表达量和分组。其中，生存状态显示截至死亡或失访的天数。数据整理包括：病例分组：基于目的基因表达量中位数进行分组（如，高表达组和低表达组），亦可自由定义分组。标记生存状态：默认0表示...
整理ARGs列表,只保留最后一列Gene Symbol数据→用Excel打开TCGA-COAD RNA-seq表达谱并另存为TCGA-COAD-ARGs→在第一列gene_id的右侧新建一列→用【VLOOKUP函数】精确匹配第1步得到的ARGs列表→数据筛选去掉【#NA】的项→选中整张工作表用【Ctrl+G】定位到当前区域,复制并粘贴到新的Excel文件→删除第2列→在当前...
图1 基于TCGA数据库评估FUNDC1在肺癌及正常组织中的表达 非小细胞肺癌组织中FUNDC1表达与患者的总生存期(OS)和无复发生存期(RFS)均相关(P=0.047, P=0.048),FUNDC1低表达者OS和RFS均优于高表达者,见图2。而其他线粒体受体蛋白表达...
LIHC<-filter(OSdata,Cancer=='LIHC')med.exp<-median(LIHC$'SPP1') 根据中位数分成高表达和低表达两组 more.med.exp.index<-which(LIHC$'SPP1'>=med.exp)less.med.exp.index<-which(LIHC$'SPP1'<med.exp)LIHC$'SPP1'[more.med.exp.index]<-paste0('High expression (',length(more.med.exp.i...
这项研究中,旨在使用NSCLC免疫治疗队列和TCGA队列来识别与ICI治疗效果有关的特异的基因突变。结果表明PAK7突变与免疫治疗改善OS,增强了肿瘤免疫原性,激活抗肿瘤免疫,肿瘤相关通路改变有关,暗示PAK7突变可能作为NSCLC免疫治疗独立的预测生物标志物。公开数据挖掘思路肿瘤免疫治疗预测标志物直接意向表单咨询 材料方法部分 总结...
0.数据来源:TCGA(数据集) 技术路线:表达差异(热图和火山图)→功能富集(GOKEGG富集分析)→交互网络(蛋白互作网络和hub基因筛选)→表达差异(hub基因在肺腺癌(LUAD)和正常组织中的表达)→临床意义(hub基因的生存分析)。 3.图表简介 Figure 1 | 差异表达基因的热图和火山图 ...
基于ＴＣＧＡ和ＧＥＯ数据库探索结肠癌肿瘤微环境中的免疫相关预后因子 操利超，巴颖，丁世涛，翁琦，卢晓萍，张核子（深圳市核子基因科技有限公司，广东深圳５１８０７１）摘要：目的 构建和评估结肠癌预后模型，探索肿瘤免疫微环境的特征，并分析其在结肠癌的免疫治疗中的作用。方法 从癌症基因组图谱（ＴｈｅＣ...
基于ＴＣＧＡ数据库筛选乳腺癌相关预后基因及临床意义的探讨 张磊㊀陆进㊀宋文华㊀刘小五㊀刘飞㊀王晓丹㊀胡俊杰 ʌ摘要ɔ㊀目的㊀通过对ＴＣＧＡ数据库中乳腺癌高通量测序数据进行分析ꎬ寻找新的乳腺癌预后相关的基因ꎬ为后续研究提供数据支持ꎮ方法㊀收集ＴＣＧＡ数据库中１０６６例乳腺癌组织和...
An Integrated TCGA Pan-Cancer Clinical Data Resource to Drive High-Quality Survival Outcome Analytics 临床生存结局终点的定义 Overall Survival (OS) OS is the period from the date of diagnosis until the date of death from any cause. The censored time is from date of initial diagnosis until the ...
dat <- choose_clinicaldata %>% filter(OS_MONTHS > 0) table(dat$OS_STATUS) #DECEASED LIVING # 154 935 my.surv <- Surv(dat$OS_MONTHS,dat$OS_STATUS=='DECEASED') #创建生存分析对象,DECEASED代表事件发生 kmfit1 <- survfit(my.surv~1) ...