本文将手把手教你做转录组下游分析——数据处理(TCGA数据库)目录如下: 1. 数据集获取 2. 数据处理(Rstudio) 3. 结语 本项目以非小细胞肺癌(non-small cell lung cancer,NSCLC)中的肺腺癌(lung adenocarcinoma,LUAD)作为展示 选用的数据库是TCGA。 物种:人类(Homo sapiens) 实验分组:疾病组,对照组。 我这里...
方法 基于TCGA数据库分析线粒体受体(DRP1、BNIP3、FUNDC1、NIX、RHEB、LC3、OPA1、MFN1)在正常组织与NSCLC组织中表达的差异及其对患者预后的影响。免疫组织化学法检测68例NSCLC以及正常组织中FUNDC1的表达。SPSS22.0统计软件分析FUNDC1表达与...
从TCGA数据库(https://portal.gdc.cancer.gov/)中下载已处理的肺腺癌原始mRNA表达数据,一共收集到肺腺癌标本535份。 1.2.3 药物敏感度分析 基于最大的药物基因组学数据库—GDSC癌症药物敏感度基因组学数据库(https://www.cancerrxgene.org/)...
这一步十分重要是后续操作的关键,需要输入四个参数,分别是project 代表项目ID, data.category参数需要我们输入数据集类型,比如我们下载的是SNV数据,就是写入"Simple nucleotide variation",data.type是代表输入的为Simple somatic mutation,另外一个注意的点便是access代表权限的问题,我们选择open 6.建立好索引,下一步便...
这次测试Xena插件时,去ICGC的官网又看了下,网站又更新了。好在变化不是特别大,之前ICGC数据库的使用和TCGA数据库在线使用都还可以用。 数据库的使用主要靠自己去多操作,仔细读,多看文档,不要想着一下就可以找到想要的内容,尤其是刚接触时,就当看小说,多浏览几页,就知道都有什么了。在熟悉了几个基本操作,几种常...
发展[3、4]。但在肾透明细胞癌相关的研究中涉及ceRNA的较少。本研究中我们基于TCGA数据库，应用R软件等相关技术构建了肾透明细胞癌的ceRNA调控网络并构建了预后模型。最终筛选出3个lncRNAs、6个miRNA和9个mRNA。在3个lncRNA中，曾有研究表明，WT1-AS在NSCLC中过表达通过下调UCA1抑制NSCLC细 ...
总结起来为:NSCLC的免疫治疗队列分析识别与ICI治疗患者预后相关的基因突变。接着,对TCGA NSCLC队列进行分析,用于验证特异的基因突变与肿瘤免疫原性,抗肿瘤免疫力以及肿瘤相关通路改变的关系。 本文真实框架为:Clinical Cohorts and Survival AnalysisNSCLC ICI治疗队列来自2019年nature genetics文章,数据存放于cBioPortal,数据本...
但在肾透明细胞癌相关的研究中涉及ceRNA的较少。本研究中我们基于TCGA数据库,应用R软件等相关技术构建了肾透明细胞癌的ceRNA调控网络并构建了预后模型。最终筛选出3个lncRNAs、6个miRNA和9个mRNA。在3个lncRNA中,曾有研究表明,WT1-AS在NSCLC中过表达通过下调UCA1抑制NSCLC细。 。. .。。
Key words: SLC2A1 gene; lung adenocarcinoma; Oncomine database;TCGA database 肺癌因其高发病率,高死亡率以及病因复杂等 原因,严重威胁着人类的健康与生命,一直以来都 引起全球学者的广泛关注,一般肺癌可分为小细胞 肺癌(SCLC,约占 20%)和非小细胞肺癌(NSCLC, 约占 80%)[1],肺腺癌是 NSCLC 最常见的...
在肺癌中非小细胞肺癌(NSCLC)占到其总数的80%~85%[1],NSCLC的病理类型又包括鳞状细胞癌、腺癌、大细胞癌等[2]。肺腺癌是具有腺样分化或黏液分泌的恶性上皮肿瘤,目前已成为最常见的肺癌病理类型[3,4]。多数患者确诊时已出现远处播散转移,各种干预及治疗手段效果差,因此预后较差[5]。