本项目以非小细胞肺癌(non-small cell lung cancer,NSCLC)中的肺腺癌(lung adenocarcinoma,LUAD)作为展示 选用的数据库是TCGA。 物种:人类(Homo sapiens) 实验分组:疾病组,对照组。 我这里使用的R版本是4.2.2 要用到的R包:tidyverse, rtracklayer, dplyr 1. 数据集获取 首先进入XENA.UCSC(xena.ucsc.edu/)官...
总结起来为:NSCLC的免疫治疗队列分析识别与ICI治疗患者预后相关的基因突变。接着,对TCGA NSCLC队列进行分析,用于验证特异的基因突变与肿瘤免疫原性,抗肿瘤免疫力以及肿瘤相关通路改变的关系。 本文真实框架为:Clinical Cohorts and Survival AnalysisNSCLC ICI治疗队列来自2019年nature genetics文章,数据存放于cBioPortal,数据本...
结果表明:LRP1B (43% vs 9%,P = 0.001)、EPHA5 (24% vs 1%, P = 0.002)、PRKDC (14% vs 1%, P = 0.039)、PREX2 (14% vs 0%,P = 0.012)和FAT1 (14% vs 0%,P = 0.012)在COPD-LC中突变频率更高(图1B),据报道这些突变与NSCLC或泛癌中更好的免疫治疗疗效相关。
结果 FUNDC1在NSCLC组织中的表达较正常组织明显上调,FUNDC1表达差异与患者区域淋巴结转移和分化程度明显相关(P < 0.05),而与患者的年龄、性别、病理分型、远处转移、TNM分期均无相关性,多因素Cox回归分析显示FUNDC1蛋白表达、区域淋巴结转移...
MutationTTNTP53PrognosisLung cancer prevalence with its high mortality rate is a trending topic globally. Non-small cell lung cancer (NSCLC) is the most common type of lung cancer. The human gene TTN encoding for TITIN protein is known as major mutation gene in many types of tumor including ...
肺癌在组织病理学上主要分为非小细胞肺癌(non-small cell lung cancer,NSCLC)和小细胞肺癌(small cell lung cancer,SCLC)两类。非小细胞肺癌是肺癌中最常见的类型,约占每年新发肺癌患病总例数的80%~85%[2]。肺腺癌(lung adenocarcinoma,LUAD...
不论你是做TCGA数据挖掘,还是自己的研究结果与TCGA数据库比较,都需要掌握一定的TCGA数据处理方法。当然,很多公众号都有TCGA数据挖掘的讲解,这里就不做赘述了。 什么是TMB? 如果你从事肿瘤相关研究,那么对Tumor mutation burden(TMB)一定不陌生,是指每Mb上产生的非同义突变的数目,产生的突变数目越多,意味着可能产生更...
如果我们感兴趣NSCLC的里面的LUAD数据集的somatic的突变信息的maf文件,可以借助TCGAbiolinks包进行TCGA的somatic的突变信息下载整理,代码非常简单, 如下所示: 代码语言:javascript 代码运行次数:0 运行 AI代码解释 library(TCGAbiolinks)query<-GDCquery(project="TCGA-LUAD",data.category="Simple Nucleotide Variation",da...
Bioinformatics methods are used to construct an immune gene prognosis assessment model for patients with non-small cell lung cancer (NSCLC), and to screen biomarkers that affect the occurrence and prognosis of NSCLC. The transcriptomic data and clinicopa
如果我们感兴趣NSCLC的里面的LUAD数据集的somatic的突变信息的maf文件,可以借助TCGAbiolinks包进行TCGA的somatic的突变信息下载整理,代码非常简单, 如下所示: library(TCGAbiolinks) query <- GDCquery( project ="TCGA-LUAD", data.category ="Simple Nucleotide Variation", ...