liver hepatocellular carcinoma (LIHC, n = 50), lung adenocarcinoma (LUAD, n = 57), lung squamous cell carcinoma (LUSC, n = 51), prostate adenocarcinoma (PRAD, n = 52), thyroid carcinoma (THCA, n = 59), and uter
lung adenocarcinoma (LUAD, n = 57), lung squamous cell carcinoma (LUSC, n = 51), prostate adenocarcinoma (PRAD, n = 52), thyroid carcinoma (THCA, n = 59), and uterine corpus endometrial carcinoma (UCEC, n = 23) 可以看到,绝大部分癌症的配对样品都不多哦! 亚型之间差异分析然后聚类 首...
基于基因表达将LUAD分为3个分子亚型(终末呼吸单元型、近端炎症型、近端增殖型)。 临床转化 :指导EGFR抑制剂(如吉非替尼)的用药选择。 6. TCGA队列的局限性 样本代表性 :部分癌症队列样本量较小(如罕见癌症)。 数据异质性 :不同癌症类型的测序深度和覆盖范围可能不同。 缺乏长期随访 :部分患者的临床随访时间...
队列性能作为样本量的函数表示,每个队列在每个样本量增量下随机抽样100次,并计算预测准确性的平均值。 (C) 预测与实际队列性能的比较,针对至少包含250个肿瘤样本的15个队列。样本量为250时的预测性能基于幂律曲线拟合估算,该曲线拟合范围为每个队列样本量35至70。 (D) 幂律准确性预测的代表性扩展示例,针对较小的...
肿瘤组织与肿瘤组织间的比较,不同组织间的neojunctions数量不一致,也就是说不同样本中剪切的复杂性不一致。尽管样本量相似,但LUAD和UCEC(子宫内膜癌)的“neojunctions”数量通常比LUSC或前列腺腺癌低(PRAD)。在膀胱尿路上皮癌(BLCA),UCE...
data analysis centers),作为目前最大的癌症基因信息数据库,TCGA的全面不仅仅体现在众多癌症类型上,还体现在多组学数据,包括全基因组、全外显子、转录组测序数据,芯片表达数据,miRNA表达数据,拷贝数变异,甲基化数据,蛋白表达数据,突变数据等,它最大的优势是丰富且规范的临床数据,以及针对每种癌症类型的大样本量。
第一步：进入Xena网站首页，地址为：http://xena.ucsc.edu/，依次点击launch Xena，DATA SETS,到达数据...
Description:ROC analysis of MKI67 in TCGA-LUAD combined with normal tissue dataset in GTEx database. AUC value: 0.904. 95% confidence interval: 0.883 to 0.923. X-axis: FPR, false positive rate; Y-axis: TPR, true positive rate.方法: 为扩大正常样本量,采用GTEx的正常样本TPM表达量与TCGA肿瘤...
work_dir <- "D:/colonadenocarcinoma" # 选择工程地点(也就是数据下载的位置) project <- "TCGA-COAD" # 选择工程 data_category <- "TranomeProfiling" # 类似于在网站上直接进行选择,选择转录数据 data_type <- "Gene ExpressionQuantification" # 选择基因表达谱数据 ...
TCGA_LUAD_GTEx TCGA_LUAD_GTEx[,-1] save(TCGA_LUAD_GTEx,file = "TCGA_LUAD_GTEx.Rdata") 1K20 使用curatedTCGAData下载TCGA数据库信息好用吗 好久没有写TCGA数据库教程了,因为TCGA计划早在2017年就陆陆续续停止了,我那个时候写了几百个教程并且录制了视频。...请先通读文档后再发问我这边备份的...