公共数据集> TCGA-LUADTCGA-LUAD 1 肺腺癌数据 w wiclcl CC0 图像分类 2 2 2024-12-23 详情 相关项目 评论(0) 创建项目 文件列表 TCGA-LUAD.star_fpkm.tsv.gz TCGA-LUAD.star_fpkm.tsv.gz (151.61M) 下载 File Name Size Update Time 下载查看更多反馈建议功能升级啦! •预置高频标签帮你快速锁定问题 •在线交流、邮件、电话,随你选择Hidden Link
说明：TCGA-LUAD数据集中MKI67的ROC分析。MKI67的AUC值为0.958，95%置信区间为0.936-0.976。x轴：FPR，假阳性率；y轴：TPR，真阳性率。Description：ROC analysis of MKI67 in TCGA-LUAD dataset. The AUC value of MKI67 is 0.958 and the 95% confidence interval is 0.936-0.976. X-axis: ...
6.2.4 TCGA-LUAD 6.2.5 TCGA-LUSC 6.2.6 分析 代码gitee地址 参考资料 1.目的 通过实际数据集上的编程实践,掌握高维数据常用的数据探索与可视化技术,观察和理解“维数灾难”问题的涵义、以及相似性度量和维归约的重要性。 2.数据 癌症基因图谱(The Cancer Genome Atlas Program, TCGA)数据库 (https://portal...
如下图所示,为勾选GDC Hub和TCGA Hub的筛选情况,可以从图中看到两个都是TCGA数据集,那么区别是什么呢? 在这里插入图片描述 直接以本教程要展示的疾病——肺腺癌(lung adenocarcinoma,LUAD)为例,分别找到对应的GDC-TCGA数据集和TCGA数据集,如下所示,分别点进去可以看到详细信息。 在这里插入图片描述 在这里插入图...
从NLST与TCGA-LUAD数据集中获HE染色病理图像，病理医生标记感兴趣区（ROI），然后作者使用 Mask-RCNN架构提取图像块，分别标记图像块中不同类型细胞核。使用CoxPH (Cox Proportional Hazard) 模型提取图像特征，进行预后风险评分，高评分表示病人预后差。图1.模型建立过程2.HD染色模型可同时准确地进行细胞核分割与分类...
这是一个在线工具,可以在线分析数据,这里不介绍,只介绍下载数据。在首页左上角选择DATA SETS。我们就会看到该数据库的数据集。也可以直接通过下面链接直达:https://xenabrowser.net/datapages/ 往下拉,就可以看见TCGA的数据集。 我随便选择一个, GDC TCGA Lung Adenocarcinoma (LUAD),我们进去就可以看到各种数据。
这一结果不仅支持了MKI67在肺癌发生发展中的重要角色,也为后续的生物学功能验证和临床应用提供了有力的数据支持。 结论 本次生物信息学分析报告通过严谨的数据预处理流程和统计学分析方法,揭示了TCGA-LUAD队列中肿瘤与正常组织间MKI67基因的表达差异。我们的结果为肺癌的研究提供了有价值的参考,同时也体现了生物...
分别代表TCGA癌症的简称和癌症的描述。Firebrowse一共存在38个癌症数据集。 4. 这里我们以肺癌为列,名称为Lung adenocarcinoma。 可以看到在TCGA的简称为LUAD 5. 写个函数来下载临床数据,这里提醒一点,在下载表达数据的时候,最后先下载临床数据: 一个while循环下载相应的临床数据,借助的函数为Samples.Clinical 函数,该...
从NLST与TCGA-LUAD数据集中获HE染色病理图像,病理医生标记感兴趣区(ROI),然后作者使用 Mask-RCNN架构提取图像块,分别标记图像块中不同类型细胞核。使用CoxPH (Cox Proportional Hazard) 模型提取图像特征,进行预后风险评分,高评分表示病人预后差。 图1.模型建立过程 ...
使用RTCGA.clinical包获取生存数据,按照癌症类型分为38个数据集,名称分别为COAD.clinical, LUAD.clinical等。 以COAD数据集为例,首先看一下数据集的内容: 代码语言:javascript 代码运行次数:0 运行 AI代码解释 library('RTCGA.clinical')library('tidyverse')clinical=COAD.clinicalhead(colnames(clinical))dim(clinical...