#cohortName 给输入的队列命名 laml.mutload = tcgaCompare(maf = laml, cohortName = 'LIHC-2') 7 Genecloud 使用geneCloud参数绘制基因云,每个基因的大小与它突变的样本总数成正比。 代码语言:javascript 代码运行次数:0 运行 AI代码解释 geneCloud(input = laml, minMut = 15) 8 Somatic 交互性 癌...
对于三个分类器项目,我们将两个TCGA队列合并:KIRCKICH、LIHCCHOL 和 LGGGBM。 由于没有可用的miRNA数据用于GBM,因此我们在处理合并的LGGGBM队列时排除了miRNA。 对于合并的LIHCCHOL和KIRCKICH队列,尽管进行了批量校正,但由于不同的文库制备协议,miRNA-seq数据中可能存在残留的批次效应,因此我们在生成LIHCCHOL和KIRCKICH...
GBMLGG Glioma 胶质瘤 HNSC Head and Neck squamous cell carcinoma 头颈鳞状细胞癌 KICH Kidney Chromophobe 肾嫌色细胞癌 KIPAN Pan-kidney cohort (KICH+KIRC+KIRP) 混合肾癌 KIRC Kidney renal clear cell carcinoma 肾透明细胞癌 KIRP Kidney renal papillary cell carcinoma 肾乳头状细胞癌 LAML Acute Myeloid ...
通过tcgaComapre函数实现laml(自有群体)与TCGA中已有的33个癌种队列的突变负载情况的比较。 #cohortName 给输入的队列命名 laml.mutload=tcgaCompare(maf=laml,cohortName='LIHC-2') 7 Genecloud 使用geneCloud参数绘制基因云,每个基因的大小与它突变的样...
ggtitle("Patients in the TCGA-LIHC cohort", "stratified by demographics and survival") axis参数设置待展示的节点信息(柱子); geom_alluvium参数设置组间面积连接,此处按生存状态分组; 2 长数据示例 ggplot2通常处理的都是长表格模式,使用to_lodes_form函数即可转换 ...
#cohortName 给输入的队列命名 laml.mutload = tcgaCompare(maf = laml, cohortName = 'LIHC-2') 7 Genecloud 使用geneCloud参数绘制基因云,每个基因的大小与它突变的样本总数成正比。 geneCloud(input = laml, minMut = 15) 8 Somatic Interactions ...
#cohortName 给输入的队列命名 laml.mutload=tcgaCompare(maf=laml,cohortName='LIHC-2') 7 Genecloud 使用geneCloud参数绘制基因云,每个基因的大小与它突变的样本总数成正比。 geneCloud(input=laml,minMut=15) 8 Somatic 交互性 癌症中的许多引起疾病的基因共同发生或在其突变模式中显示出强烈的排他性。可以...
ggtitle("Patients in the TCGA-LIHC cohort", "stratified by demographics and survival") axis参数设置待展示的节点信息(柱子); geom_alluvium参数设置组间面积连接,此处按生存状态分组; 2 长数据示例 ggplot2通常处理的都是长表格模式,使用to_lodes_form函数即可转换 ...
Cohort英文名称中文名称 ACCAdrenocortical carcinoma肾上腺皮质癌 BLCABladder Urothelial Carcinoma膀胱尿路上皮癌 BRCABreast invasive carcinoma乳腺浸润癌 CESCCervical squamous cell carcinoma and endocervical adenocarcinoma宫颈鳞癌和腺癌 CHOLCholangiocarcinoma胆管癌 ...
突变数据从UCSC XENA中的GDC TCGA cohort分别下在33个肿瘤的突变数据,如下 基因与每个肿瘤TMB分别做相关性分析(pearson),如LDHA在COAD肿瘤中与TMB的相关性 另外,还有一个基因与所有肿瘤的TMB相关性的棒棒糖图,如SPP1与TMB在泛癌中的相关性。橙色表示P<0.05,R>0即正相关,蓝色表示P<0.05,R<0即负相关,灰色表示...