TCGA样本ID号的含义 经常有人会问小编,TCGA下载的数据中,样本的ID号究竟代表什么意思。从样本ID号上能看出样本类型吗?首先小编先给大家一个肯定的答案。从TCGA的样本ID号上是可以区分样本类型的。 我们以TCGA-CHOL这套数据的sample sheet为例,sample sheet的下载方法和详细讲解,参考下面这个视频。☞新… ...
TCGA的数据通常以格式化的文本文件(如CSV或TSV)提供,包含样本ID、基因表达值、突变信息等。对于初学者来说,了解这些数据的基本结构和含义非常重要,以便在后续分析中能够准确解读和使用数据。 如何分析TCGA数据以获得生物学见解? 一旦获取了TCGA数据,接下来的步骤是进行数据分析。数据分析可以分为几个主要部分,包括数据探...
参照前面的Barcodes含义:所有样品编号中的Sample代码都为01,而01-09都是癌症组织。可见生存分析使用样品是肿瘤组织。
CLINICAL_SAMPLE_ID Identifier to another database. SAMPLE_SIZE Size of the sample. SAMPLE_SIZE_UNITS Units of the sample size (Coded: cc=cubic centimeters, cm=centimeters, grams, none). TIME_PM Time to post-mortem (hours) for sample removal. ORGAN Organ from which the sample came. PRIOR...
样本(即最终表格中的行)是 TCGA 样本,通过 12 位的 TCGA 病例 ID 条形码标识(例如,TCGA-02-0001)。 列是特征。 每个特征名称的结构包含:1)变量类型,即二元/分类/数值;2)分子平台,例如 MUTA 表示突变,METH 表示甲基化,MIR 表示 microRNA 成熟链,GEXP 表示信使 RNA,CNVR 表示拷贝数变异;3)其他分子注释,例...
TCGA 条形码在 TCGA 生物样本数据标识中扮演核心角色。从技术支援机构接收样本及其元数据后，BCR 分配人类可读的 ID - TCGA 条形码，用于唯一标识特定数据生成中心为样本生成的结果。此条形码整合了样本元数据，由一系列具体标识符组成，每个标识符代表TCGA 数据元素。TCGA 条形码的结构复杂，包含多个标识符，...
tcga表达矩阵数据格式 tcga表达矩阵数据格式 TCGA（The Cancer Genome Atlas）提供了大量的癌症基因组学数据，包括基因表达数据。TCGA 的基因表达矩阵数据通常以文本文件的形式提供，其格式可能因数据类型而异，但一般而言，这些数据文件都具有一定的共同特征。常见的 TCAG 基因表达矩阵文件可能具有以下特点：行和列：矩阵...
https://www.cancer.gov/publications/dictionaries/cancer-terms?search=clinical 如何利用TCGA数据库进行深度癌症研究及发大牛文章? http://www.bio-equip.com/showarticle.asp?ID=453086429 http://www.yiqi.com/pt7004/file_100.html TCGA博客文章 http://www.bio-info-trainee.com/tag/tcga...
得到的sample sheet内容如下,我们用Excel打开,然后直接查看最后几列。从Sample ID和Sample Type的对应关系不难发现,后缀为-01A的是Primary Tumor样本,后缀为-11A的是Solid Tissue Normal样本。 而事实上也是这样的,从TCGA官方文档 https://gdc.cancer.gov/resources-tcga-users/tcga-code-tables/sample-type-codes ...