此外，我们通过Western印迹和qPCR验证了肝癌患者样本中HCC细胞系中三个基因的表达以及IHC的蛋白质表达水平。最后，我们构建了TF临床特征列线图，以进一步预测TCGA队列的肝癌患者生存率。研究结果：通过Cox回归分析，确定了15个TF（ZNF331，MYCN，AHRR，LEF1，ZNF780A，POU1F1，DLX5，ZNF775，PLSCR1，FOXK1，TAL2，Z...
此外,我们通过Western印迹和qPCR验证了肝癌患者样本中HCC细胞系中三个基因的表达以及IHC的蛋白质表达水平。最后,我们构建了TF临床特征列线图,以进一步预测TCGA队列的肝癌患者生存率。 研究结果: 通过Cox回归分析,确定了15个TF(ZNF331,MYCN,AHRR,LEF1,ZNF780A,POU1F1,DLX5,ZNF775,PLSCR1,FOXK1,TAL2,ZNF558,SOX9...
此文18年发表在CLINICAL EPIGENETICS杂志上,最新影响因子5.49分 一 下载DNA甲基化的数据 首先作者下载了TCGA数据库中(level 3)的DNA甲基化的数据,不过他下载的是Human Methylation27 BeadChip,就是27k的甲基化芯片数据,这类芯片所能捕获到的甲基化位点相对较少,主要是检测人基因组2.7万个甲基化位点。 二 信息下载和...
可以看到病人队列也不小了,两个癌症,每个一百多病人。研究者在检查STING这个基因表达量的时候,区分了内皮细胞和免疫细胞。这一点很有趣。 只有你对你的课题熟悉到一定程度才知道,并不是TCGA数据库里面的RNA-seq或者芯片数据检测到的STING这个基因表达量能区分生存就是你的生物学故事的证据支持。 临床资料整理 也详...
这篇文章同样是关于CNV的文章,但却不再是单基因的CNV状态,作者关注的是CNV的burden,也就是肿瘤基因组发生这些改变的百分比,也称为CNA负荷。整篇文章作者都在回答一个问题,CNA负荷对乳腺癌的预后影响究竟是怎样的?作者是借助METABRIC data和TCGA data实现对数据的挖掘。
同时,临床病理特征分析表明,MARC2 的低表达与较大的肿瘤大小、较高的 AFP 水平和较高的肿瘤分级有显著相关性。随后,通过 IHC 染色检测了 87 例 HCC 患者组织芯片队列中 MARC2 的蛋白表达水平,MARC2 蛋白表达较高的患者与 MARC2 蛋白表达较低的患者相比,预后较好。
控制细胞周期进展、凋亡和细胞生长的信号通路中发生遗传改变是癌症的共同特征,但通路改变的程度、机制和共发生在不同的个体肿瘤和肿瘤类型之间是不同的。基于TCGA中9125例肿瘤的多组学数据分析了10个典型通路的改变机制和模式,发现89%的肿瘤在这些通路中至少有一种驱动改变,57%的肿瘤至少有一种改变可以被现有药物靶向...
Objective To construct a prognostic model for cuprotosis-related genes (CRGs) in patients with hepatocellular carcinoma (HCC). Methods Differential expression of CRGs in HCC was analyzed on the basis of datasets from the TCGA database. The potential mechanisms of CRGs and their related genes in ...
结果 p57在Oncomine数据库大多数HCC队列中呈现转录水平低表达,而在癌前及正常组织高表达;CKS1及SKP2在大多数HCC队列中呈现转录水平的高表达,而癌前及正常组织低表达.p57高表达(5年生存率为50.3%)与低表达(5年生存率为44.5%)的患者预后没有显著差异(P=0.744).CKS1低表达(5年生存率为56.0%)患者预后显著好于...
6月15日,美国癌症基因组图谱(TCGA)研究网络在著名的Cell杂志发表了其肝癌项目的数据。为这一人类迄今最大规模的癌症基因组项目又增加了一份重磅成果。 研究者通过全外显子测序和DNA拷贝数分析的方法分析了363例肝细胞癌(HCC)病例;并通过DNA甲基化、RNA、miRNA和蛋白质组表达分析了196例HCC病例。该研究的图片摘要...